下丘脑中有一些细胞不仅能传导兴奋，而且能分泌激素。这些激素的功能是促进垂体中激素的合成和分泌。例如，下丘脑分泌的促性腺激素释放激素，能够作用垂体合成和分泌促性腺激素。因此，下丘脑是机体调节内分泌活动的枢纽。
下丘脑功能失调的症状有中枢性尿崩症，可出现机体水代谢紊乱。体温调节障碍，散热机制损伤，产热机制受到损伤，可表现出体温明显低于正常。摄食异常，有些可出现食欲亢进，有些则表现为缺乏食欲。睡眠障碍，可出现过度睡眠、嗜睡、发作性睡眠综合症，严重时可出现昏迷，还可表现为生殖与性功能障碍以及自主神经功能障碍。
有一些性激素水平异常也有可能是由于下丘脑的病变引起来的，治疗方面主要是根据相应的激素水平来进行治疗，另外就是针对病因的治疗，比如有下丘脑肿瘤可以采取手术放疗或者是化疗。
下丘脑的作用主要是维持人体内环境的稳定和控制内分泌系统的功能活动，因此下丘脑主要管人体的摄食行为、体温调节、水盐平衡、情绪变化、睡眠、生殖功能，垂体腺功能及内脏活动等多方面的调节，因此如果下丘脑受损，就会出现各种内脏功能活动紊乱。表现为中枢性尿崩症、体温调节障碍、摄食异常、睡眠和觉醒障碍，性功能障碍等。
功能性下丘脑闭经的患者可以使用药物进行治疗。如果生育愿望比较强烈，可以通过促排卵治疗来促进怀孕。诱导排卵的药物有尿促性素、溴隐亭、氯米芬等。功能性下丘脑闭经是由于下丘脑功能障碍分泌促性腺激素释放激素减少，对没有生育要求的患者而言，如果没有症状是不需要进行治疗的。如果患者症状比较明显，可以通过补充外源性的雌激素和孕激素来治疗，常用药物有屈螺酮炔雌醇片屈螺酮炔雌醇片(Ⅱ)。
