肾积水根本原因就是梗阻导致的，要排除肾积水，最快捷的方法就是解除梗阻，比如，如果是结石导致的，尽快碎石、清石，如果是输尿管肾盂连接部狭窄导致的，尽快解除狭窄，手术治疗，如果是炎症导致的，尽快抗炎治疗等。
药物治疗，合并感染者应给予抗生素治疗，消灭感染，缓解症状；冲击波体外碎石治疗，该技术是根据结石大小，电脑自动跟踪，精确定位结石，通过超声波的冲击，在体外将结石击成粉末或小米粒状，然后随尿液排出体外。
保守治疗，服用一些活血通络、除湿、抗毒类的药物来进行缓解这种症状；肾造瘘术，若肾积水病因不去除时，应在梗阻以上先行引流，待感染控制后，梗阻原因不能解除时，肾造瘘则作为治疗措施。
肾积水只有通过经皮穿刺肾造瘘或者是把原发病治疗好了，才能够排出来。肾积水主要是由肾脏本身病变、输尿管梗阻、下尿路梗阻等原因导致的，如果合并症比较严重复杂，暂时不能治疗原发病，可以采取经皮穿刺肾造瘘手术的方法把积水引出来，减轻肾积水的病情和症状，从而减轻对肾脏的压迫，但是这只是权宜之计。只有积极治疗原发病，把原发病治疗好了，排尿通道通畅，肾积水自然就会顺输尿管排出来了。
可以口服药物促进肾积水的排出，通常肾结石排出后，肾积水也会改善，肾结石排出之后，肾脏梗阻解除了，肾积水便会排出，每天至少饮用3L水，并在睡前饮用至少1L水，提高排尿量，促进结石排出；不憋尿，防止尿液反流而引起尿路感染。