肾积水的治疗大多数人不用治疗，可完全治愈。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。待感染控制稳定以后，肾积水也可以自行消失。如为梗阻引起的肾积水，明确是结石还是肿瘤压迫引起的，大多数解除梗阻后，肾积水可以消失。
肾积水的治疗办法首先要明确肾积水的病因。如为憋尿过于明显引起的肾积水，建议可以通过勤排尿、多喝水、避免长期久坐，憋尿等习惯来改变。大多数不用治疗，可完全治好。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。
体外冲击波碎石治疗，体外冲击波碎石，是利用体外冲击波聚焦后击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。优点是不需麻醉、不需手术；病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。
局部处理，对于梗阻部位的病变可用局部处理解决者，如粘连分离，纤维索带切断，血管移位再吻合，结石摘除等，对于局部压迫过长已造成输尿管局部发育严重受损时，应将此段输尿管切除再吻合；病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。
谈到左肾积水的治疗，首先应该明确积水的原因，因为原因不一样，治疗方法也是不一样的。能够引起左肾积水比较常见的原因是左侧输尿管结石、左侧肾盂输尿管连接处狭窄、左侧输尿管肿瘤等。对于输尿管结石，结石在5mm以下可以先尝试应用排石颗粒、枸橼酸钾等药物治疗。