手术疗法，肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗；病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行。
体外冲击波碎石，是利用体外冲击波聚焦后击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。优点是不需麻醉、不需手术。手术治疗，手术的原则是梗阻较轻，肾盂肾盏扩张不严重时，作单纯矫形手术，扩张明显者，应切除病变的狭窄段及过度扩张的肾盂，再作吻合术，更严重者作肾切除术。
肾造瘘术，若肾积水病因不去除时，应在梗阻以上先行引流，待感染控制后，再施行去除病因的手术。梗阻原因不能解除时，肾造瘘则作为治疗措施；冲击波体外碎石治疗，该技术是根据结石大小，电脑自动跟踪，精确定位结石，通过超声波的冲击，在体外将结石击成粉末或小米粒状，然后随尿液排出体外。
肾积水的治疗大多数人不用治疗，可完全治愈。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。待感染控制稳定以后，肾积水也可以自行消失。如为梗阻引起的肾积水，明确是结石还是肿瘤压迫引起的，大多数解除梗阻后，肾积水可以消失。
去除肾积水的病因，保留患肾，如梗阻尚未引起严重的不可恢复的病变，在去除病因以后，往往会获得良好的效果。手术方法取决于病因的性质，例如先天性的肾盂输尿管连接部狭窄，可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或者取石术，这些手术近年来可用内腔镜，就是腹腔镜来进行，术后肾积水及肾功能就会有明显的改善。