区别就是所生长的部位不同，都是属于囊性的肿物，里面含有液体或是豆腐渣样的物质，如果这样的囊肿体积不大，对所寄生的脏器不产生任何队伍症状，是可以不用治疗的。如果是比较大的情况，就得需要选择手术的办法进行治疗了，当前治疗这样的病症多数是选择微创手术进行治疗。肾囊肿是常见的肾脏囊性病变，有多囊与单纯之分，多发性肾囊肿与遗传有关。多发性肾囊肿直径小者0.1厘米，大者积液可达数千毫升，囊肿多者可达百余个，常与肝囊肿同时发生。
多囊肾和肾囊肿有本质性的区别，多囊肾是一种先天性遗传性疾病，目前的发病机制不清楚，肾小管梗阻有关，与肾单位不同部位的局部扩张有关。肾囊肿是一种后天性的疾病，它的发病机制是一段扩张的肾小管逐步增大，形成囊肿，会有多囊肝，囊肿是相通的，在肾脏会布满各种各样的囊肿，导致肾功能衰竭。肾囊肿多数为单发，或者散在多发，不会导致肾功能衰竭。
肾肿瘤和肾囊肿不是肿瘤，但极易与肿瘤相混淆，因此肾囊肿与肾恶性肿瘤的鉴别十分重要，二者的鉴别方法可用肾实质性断层造影或肾动脉造影，怀疑囊肿恶性病变时，可进行囊肿穿刺，抽出囊液进行常规检查及脱落细胞检查；也可向囊肿内注入造影剂，检查囊壁有无肿瘤。B型超声和CT很容易将肾囊肿和肾实质性肿瘤区别开来。
肾囊肿有分隔是正常情况，不会影响身体健康的，主要还是到医院进行定期的复查。如果囊肿慢慢增大，在必要的情况下建议进行做手术治疗。肾囊肿有分隔，是良性，应考虑多囊肾，是先天性肾发育不良引起的。
区别为有一侧的肾囊肿面积比较大，一般五厘米的肾囊肿是需要及时进行治疗的，以采取手术的方式进行肾囊肿的治疗。如果是单纯的肾囊肿，不会引起肾体积的改变，也不会影响肾功能更不会有任何的不适。