药物治疗，合并感染者应给予抗生素治疗，消灭感染，缓解症状；冲击波体外碎石治疗，该技术是根据结石大小，电脑自动跟踪，精确定位结石，通过超声波的冲击，在体外将结石击成粉末或小米粒状，然后随尿液排出体外。
常用的肾积治疗的方法有：肾切除术，肾积水严重，剩余的肾实质过少，或伴有严重感染即肾积脓时，如对侧肾功能良好，可切除病肾；严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术。
病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行；手术疗法，肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
病因治疗，去除肾积水病因，保留肾患，手术方法取决于病因的性质，例如先天性肾盂输尿管连接部狭窄可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或取石术，这些手术近年可用内腔镜进行；体外冲击波碎石治疗，体外冲击波碎石，是利用体外冲击波聚焦后击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。优点是不需麻醉、不需手术。
肾积水根本原因就是梗阻导致的，要排除肾积水，最快捷的方法就是解除梗阻，比如，如果是结石导致的，尽快碎石、清石，如果是输尿管肾盂连接部狭窄导致的，尽快解除狭窄，手术治疗，如果是炎症导致的，尽快抗炎治疗等。
保守治疗，服用一些活血通络、除湿、抗毒类的药物来进行缓解这种症状；肾造瘘术，若肾积水病因不去除时，应在梗阻以上先行引流，待感染控制后，梗阻原因不能解除时，肾造瘘则作为治疗措施。