结石较小，可能自动排出体外，可先试非手术方法处理，如药物疗法。有的结石稍大或不易自行排出体外，但也可先试行其他方法处理，如用输尿管内气压弹道碎石或体外震波碎石。输尿管开口处结石可试用结石钳经膀胱镜取出。如结石确诊已久，且经试用各种非手术疗法无效者，结石以上已有明显积水者应优先考虑手术治疗。
输尿管狭窄的治疗包括内镜下治疗及传统手术治疗，根据输尿管狭窄的类型、位置及长度，可以采取不同的治疗方式。输尿管狭窄的病因包括先天性发育异常、医源性损伤、泌尿系结石的崁顿等。随着医疗设备的进步，越来越多微创化的治疗方案成为了临床上常规的治疗策略，包括输尿管双J管内引流、输尿管镜下的球囊扩张、腹腔镜下输尿管成型手术。
通常来说，输尿管梗阻可以使用以下方式治疗，具体分析如下：
输尿管是一条肌肉导管，起到输送尿液的功能。输尿管阻塞，是由肾脏排出的尿液无法从输尿管排出。输尿管梗阻的原因有很多，第一点，输尿管结石，是引起输尿管梗阻的原因。第二点，输尿管狭窄，应行冷刀内切开或输尿管吻合。第三点，输尿管肿瘤，必须行半尿道切除手术。
输尿管畸形可以通过手术进行治疗，具体分析如下：
1、如果输尿管畸形，此时无肾积水，无尿液引流障碍，临床上无需治疗。但是，腰痛、肾功能损害、肾积水等情况下，可以通过外科手术，将反复的输尿管或积水的上位肾盂切除。
2、巨输尿管病，由于运动引起的同侧肾积水，时间长了很容易造成同一侧的肾功能减退。治疗时要考虑到输尿管的切除。
3、肾盂、输尿管先天狭窄，肾盂积水会导致肾功能受损。目前的治疗方法仍然是外科，即通过手术，将狭窄的部分切除，并进行输尿管端端吻合术，以确保输尿管通畅，预防肾积水。
输尿管息肉一般是需要进行手术来治疗。输尿管息肉有可能会导致输尿管狭窄，有可能会导致输尿管积水，肾脏积水，进而有可能会导致肾脏功能受到损害。所以如果一旦发现确诊输尿管息肉，建议要尽早手术治疗，比较常用的手术方式是经尿道输尿管镜息肉烧灼术。
输尿管肿瘤最有效的治疗方法是进行手术治疗，行患侧的肾脏输尿管，以及输尿管膀胱临近部的手术切除等。暂时不要进行性生活，以免交叉感染。输尿管肿瘤是发生在输尿管里面的肿瘤，会有无痛性肉眼血尿的症状，部分会出现腰痛，血尿，尿路刺激症。
