治疗肾囊肿的方法以囊肿减压术为主，主要是针对于表浅而且比较大的囊肿，尤其是出现持续性疼痛且伴有严重的高血压、肾功能不全者。如果出现合并有囊肿感染者，需应用抗生素进行治疗。
肾囊肿可单发或者多发，常见于男性，可压迫血管或者引发尿路梗阻出现病症，可有腰腹背部间歇性钝痛，继发感染可出现尿频尿急等症，B超，ct检查可诊断，手术治疗是有效办法。就诊肾脏外科检查治疗，适当补充高纤维、高维素食物，多吃新鲜蔬果，忌饮酒，少吃辛辣、油炸食品。
肾囊肿的病因目前还不能完全确定，单纯性的肾囊肿，一般是肾小管憩室逐渐发展而来的，并且随着年龄的增长，患单纯性肾囊肿的风险会逐渐增加。左肾囊肿的最大的危害就是发展成恶性囊肿，进而发展为尿毒症。无痛而良性的肾囊肿不需要治疗，但如果囊肿变大、压迫肾脏正常组织，造成肾功能下降，或者如果发现囊肿是恶性的，出现疼痛，往往需要及时治疗。
胎儿肾囊肿无需进行治疗。
因为胎儿肾囊肿的发病原因，与遗传因素或者先天发育异常有关。绝大多数的囊肿都属于良性病变，生长速度非常缓慢。单发的肾囊肿，对于胎儿的身体健康以及出生后的身体健康，都没有明显的不良影响，通常是不需要进行特殊治疗的。如果囊肿体积增大，可以进行手术治疗或穿刺抽液治疗。但如果对胎儿的身体较大时，应选择终止妊娠。
中医治疗肾囊肿的方法主要以微化中药渗透疗法，使囊内液体不断减少，直至不分泌。还可以采用囊肿去顶减压手术治疗，手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，延缓疾病的发展。生活中注意不吃过咸，过辣，刺激的食物。
肾囊肿一般没有什么临床症状，常常是在做彩超时发现肾脏有囊肿，但是如果肾脏囊肿比较大，或者本身继发感染或者本身破裂出血，就会有比较明显的症状。比如：会有腰疼，腰痛一般都是胀痛，一般都是因为囊肿挤压肾脏导致，再有会有血尿，如果肾盂旁的囊肿压迫了肾盂，就会出现镜下的血尿。