无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿有压迫症状了，建议早期手术治疗是最好的治疗方法。手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害。
随访观察：小囊肿可观察，无需处理，定期复查即可；B超下穿刺吸液：在超声引导下穿刺吸液，有一定的效果，但此方法易复发，且再次手术时可能发生粘连；腹腔镜肾囊肿去顶术：为常用方法，把整个囊肿的囊皮去掉，复发率低。
无症状的肾囊肿一般不需要治疗。若囊肿大于5cm且有压迫症状了，建议早期手术治疗(囊肿去顶减压术)是最好的治疗方法。手术治疗通常采用囊肿去顶减压术。此手术减轻了囊肿对肾实质的压迫，保护了大多数剩余的肾单位免遭挤压和进一步损害，使肾缺血状况有所改善，部分肾功能单位得到恢复，延缓了疾病的发展。手术成功的关键是尽可能早施行手术，囊肿减压必须彻底，不放弃小囊肿和深层囊肿的减压。
肾囊肿要根据囊肿大小，所在位置，采取相应的治疗方法。
囊肿只要位置比较合适，大小超过5cm，一般是在超声定位下行肾囊肿的穿刺术，穿刺以后把肾囊肿里面的液体抽出来，抽出来以后减压，会打硬化剂进去，所谓的硬化剂比如像无水酒精，还有聚桂醇等，目的是让囊壁经过硬化剂的作用，让囊壁粘连在一块，下次这个部位就不容易再发生囊肿。
建议到肾内科检查就诊，日常饮食上注意避免辛辣，不要吃生冷刺激性的食物，最好以清淡营养容易消化为主。
在B超的引导之下穿刺引流，把囊肿的液体吸出来，然后往里面打一种无水酒精，叫做硬化这种方法。用腹腔镜在腰上打上2-3个眼，把这个手术完成，病人基本上没有太大的痛苦，手术恢复也非常快。