肾积水的治疗大多数人不用治疗，可完全治愈。而由泌尿系感染引起的肾盂积水，多建议应用抗生素治疗，建议行中段尿微生物培养、泌尿系彩超、泌尿系CT等相关检查，治疗疗程一般为2周，为复杂性尿路感染。待感染控制稳定以后，肾积水也可以自行消失。如为梗阻引起的肾积水，明确是结石还是肿瘤压迫引起的，大多数解除梗阻后，肾积水可以消失。
新生儿轻度肾积水需要根据导致肾积水的病因来给予治疗。如果是肾结石引起的，可以给予药物排石，体外冲击波碎石以及经皮肾镜取石术；如果是前列腺增生引起的，需要给予前列腺电切或者前列腺手术来治疗。
新生儿肾积水，建议注意肾脏发育的b超检查，必要时输尿管造影，输卵管梗阻的原因，梗阻的位置和程度，必要时及时手术治疗，一般输尿管的一小段发生狭窄而引起阻塞，解除梗阻后积水会慢慢消失。
谈到左肾积水的治疗，首先应该明确积水的原因，因为原因不一样，治疗方法也是不一样的。能够引起左肾积水比较常见的原因是左侧输尿管结石、左侧肾盂输尿管连接处狭窄、左侧输尿管肿瘤等。对于输尿管结石，结石在5mm以下可以先尝试应用排石颗粒、枸橼酸钾等药物治疗。
去除肾积水的病因，保留患肾，如梗阻尚未引起严重的不可恢复的病变，在去除病因以后，往往会获得良好的效果。手术方法取决于病因的性质，例如先天性的肾盂输尿管连接部狭窄，可作肾盂成形术，肾、输尿管结石可行碎石或者取石术，这些手术近年来可用内腔镜，就是腹腔镜来进行，术后肾积水及肾功能就会有明显的改善。