胸腺瘤的治疗原则是一经诊断即应外科手术切除。无论良性或恶性胸腺瘤都应尽早切除。切除的恶性胸腺瘤可根据病理指导术后治疗，部分切除者术后放射治疗可缓解症状，延长存活时间。
胸腺瘤可以采用胸腔镜下微创手术，根据胸部CT的检查，判断胸腺瘤偏向于哪一侧胸腔。如果胸腺瘤偏向于左侧，就左侧开口进行胸腺瘤的摘除。如果胸腺瘤偏右侧，从右侧胸腔镜下胸腺瘤摘除术。
胸腺瘤不手术长大到一定体积就会压迫周围组织和器官出现胸痛，胸闷，气急，咳嗽，明显肿块，心包积液心慌气短等症状，还有出现并发症如重症肌无力，巨食管症，低蛋白血症，再障性贫血等。
胸腺瘤手术大概需要30000-40000块钱。就目前的医疗技术而言，不同的医院手术费用不完全一样。在省级三甲医院，胸腺瘤手术大概需要30000-40000块钱。胸腺瘤手术的费用可能在全国不同的地区，与当地的物价、经济都有一定的关系。
良恶性的判断主要依靠病理检查，不是依据体积大小来判定。对于良性的胸腺瘤，早期体积较小的胸腺瘤大多没有自查症状，也不容易被自行发现。等到肿瘤长到一定体积的时候，会出现胸痛、胸闷、咳嗽及前胸部不适等症状。
胸腺瘤手术后最常见后遗症为重症肌无力，重症肌无力和胸腺瘤有直接关系，如眼睑下垂或出现疲劳，上肢伸举费力、咀嚼吞咽困难等。还会造成肾病综合征肾炎的出现。