药物治疗乙肝，首先需要完善病人的肝功和乙肝病毒DNA，腹部彩超等检查，如果病毒提示复制并且肝功能有异常时，则需要通过抗病毒药物治疗，要清淡饮食，不能饮酒，不能熬夜。
进行肝功能检查，如果肝功能出现异常，肝细胞有破损，可以保肝治疗。如果肝功能正常，可以进行乙肝病毒DNA检测数量得多少，如果体内病毒数量较多，要服用核苷类药物抗病毒治疗。
抗病毒治疗是乙肝治疗的核心和关键。目前挺好的乙肝治疗方案是在采用乙肝病毒DNA基因检测、乙肝病毒变异耐药检测等先进乙肝诊疗技术准确了解病情的基础上，对症选择敏感的药物，配合乙肝治疗较新方法进行治疗，能有效提高乙肝抗病毒治疗药物的有效利用率，见效快、疗程短、安全无副作用，能使乙肝治疗取得挺好的效果。
目前常规的治疗手段，主要就是抗病毒、降酶保肝、软肝散结等手段。治疗时主要看肝功能和乙肝病毒基因含量的，只要这两项化验结果是正常的，那这时就可以先不用做治疗的，定期复查就可以了。
有身体的不适，建议到正规医院的传染科就诊，检查肝功能，腹部B超，乙肝病毒DNA等明确病情。目前没有特效的药物和治疗方法，最有效的抗病毒治疗转阴率50%左右。如果肝功能异常则应考虑抗病毒治疗。
乙肝大三阳可以治疗，但不能说完全健康，因为乙肝疾病是没有办法完全清除体外的乙肝大三阳，一般代表的就是病毒数量在明显的复制，过度的升高，所以选择一些抗病毒的药物来控制调节是临床比较常见的。