肠结核积极的抗结核治疗，尽快使痰菌转阴，以免吞入含菌的痰而造成肠感染。有关结核病的卫生宣传教育。不要吞咽痰液，应保持排便通畅。要加强卫生监督，提倡用公筷进餐，牛奶应经过灭菌消毒。接种卡介苗可增强人体对结核菌的抵抗力，有利于预防结核病的发生。
腹痛，因病变常累及回盲部，故疼痛最常见于右下腹，触诊时可发现局限性压痛点，增生性肠结核并发肠梗阻时，腹痛主要为绞痛，并伴有肠梗阻的相应症状。腹泻与便秘，腹泻是溃疡型肠结核的主要症状之一。
肠结核是结核病的一个种类，所以有结核的前期性的症状，主要表现为长期的慢性发热，伴有盗汗，经常感到疲倦、消瘦、贫血、营养不良，同时因为肠结核经常是继发于肠外结核，所以也有肠外结核的表现，如肺结核的咳嗽、咳血等。
肠结核的检查主要有专科医生的病史询问、体格检查，以及一些实验室和器械辅助检查，比如血常规、红细胞沉降率、胸部的X平片这些一般检查。还有就是需要相应的比较特殊的，比如X线的钡餐或者钡剂灌肠检查、显微结肠镜检查，必要的时候可以在镜下进行活体组织的病理检查。
肠结核鉴别是由结核杆菌感染而导致一种病变，通过降低自身的免疫力好而出现的一种病症。通常采用的治疗方式是抗结核治疗，还有就是抗免疫治疗。平时注意饮食清淡，忌辛辣。