因为这时候也是按照正常疫苗的接种程序来的，可以产生和出生时注射乙肝疫苗一样的免疫效果。小宝宝出生的时候属于低体重儿，这时候是不能勉强打疫苗的等小宝宝一个月后，小宝宝长得大了一些，这时候开始打疫苗，完全没有什么影响的。
一般来说，婴儿打乙肝后不良反应主要有以下情况。
乙肝疫苗一般需要打三针，打完三针疫苗之后，才能有比较稳定的对乙肝的免疫能力。乙肝疫苗的不良反应。婴儿打乙肝后不良反应通常有注射部位的疼痛症状，但一般不会出现压痛、红肿等症状，一天左右的时间就能消失，也可能持续到两到三天的时间。症状严重的，局部有可能会起硬结。此外，还可能出现轻微的发热症状，以及过敏性休克。
根据实际的情况，乙型肝炎疫苗是非常安全的，一般不会产生不良的反应。
一小部分患者接种完疫苗，会在接种点红肿、硬结，也会有少量的患者会有红肿、硬结等症状，也会有少量的发热症状。乙肝接种后会有明显的过敏性反应，但是通常情况下是没有任何副作用的。副作用很小，属于自限性，需要注意的是要注意的事项。要避免吃辛辣、刺激的食物。
只有少数人出现接种部位红肿、硬结、疼痛，手臂酸重或发热、恶心、呕吐、乏力、皮疹等与疫苗接种大致相仿的轻微反应，多在1～3天内不治自愈。如果患急性传染病或其他慢性疾病不能接种乙肝疫苗患有皮炎、化脓性皮肤病、严重湿疹的小儿不宜乙肝疫苗接种。
宝宝打乙肝疫苗不良反应比较少见，少部分宝宝会出现接种部位红肿热痛、硬结，长皮疹。有些会出现头晕、头痛、发热、寒战、恶心、呕吐、乏力、烦躁、嗜睡等症，反应多在接种后2-3天自然消失。
新生儿接种第二针乙肝疫苗可能在接种后24小时左右，接种部位会出现硬块发痒，红肿等症状，也有可能伴有不同程度的发热，恶心，食欲不振，腹痛，腹泻等。若持续高烧不退，应及时到医院就诊。