小三阳病人首先应检测肝功能，化验血中HBV-DNA含量及前C基因变异情况，并通过必要的肝活检来正确分析这种小三阳是否需要采取治疗措施。如果肝功能正常，HBV-DNA阴性，不需要治疗，半年定期复查。如果肝功能异常，HBV-DNA阳性，则需要治疗。
如果乙肝小三阳，病毒学检测也就是HBVDNA阴性，肝功酶学正常，彩超等影像学无任何改变，年龄小于50岁，无家族的肝癌病史，可以不用治疗，半年到一年一次系统检查。如果小三阳，HBVDNA高于检测线，肝功能异常，彩超提示肝硬化，或者肝脏结界，年龄大于50岁，家族有肝癌病史，尽早进行抗病毒治疗。
乙肝小三阳的转阴，首先应该将病毒定量转为阴性，可以选择口服核苷酸类的药物，在短期内将病毒转阴，肝功能恢复到正常。干扰素的治疗除了起到抗病毒的作用，还可以起到很好的调节免疫方面的作用，可以使表面抗原转阴。
如果小三阳没有得到良好的控制，就会出现了一定的肝脏功能和病毒指数的增高，然后会对肝脏功能造成很大的损伤。小三阳很容易造成有一定的肝硬化或者是肝癌的情况。得了小三阳，应该及时治疗。
乙肝小三阳患者肝功能始终正常即病毒携带者，临床往往没有任何症状和正常人表现一样。如果乙肝小三阳发生肝功能的中度轻度的改变，表现出消化道症状，如食欲不振、恶心、呕吐、厌油腻、腹胀、大便性状的改变等。