乙脑减毒活疫苗不良反应发生率比较低。主要表现为局部反应和全身症状。接种部位在上臂外侧三角肌下缘，皮下注射，可以引起该部位局部红肿，硬结，疼痛，一般症状较轻，用温毛巾局部热敷后1-2天，可以消失。
乙脑减毒活疫苗一般情况下是免费的。
目前常用乙脑减毒活疫苗，就是用流行性乙型脑炎的减毒株病毒，经过培养后增加保护剂冻干而制成的，属于一类疫苗。由于乙脑是一种能够侵害中枢神经系统的急性传染性疾病，且患病后患儿常常会出现抽搐、颅脑神经瘫痪、共济失调、肢体瘫痪或强直，严重的情况下甚至出现昏迷和死亡。
一般要求8个月以上的健康婴幼儿，以及非流行地区的健康人群，都要注射乙脑疫苗。接种乙脑疫苗，是预防流行性乙型脑炎的有效措施。
乙脑减毒活疫苗事故率并不是很大。乙脑减毒活疫苗是预防乙脑的有效手段，流行性乙脑是由昆虫为媒介传播的，人和牲畜共同患病的疾病，此病起病急，会突然出现高热、惊厥、昏迷，痉挛性瘫痪等中枢神经系统疾病，严重者危及生命。
乙脑减毒活疫苗是国家规定的在计划内的免疫接种疫苗，注射乙脑减毒活疫苗主要作用就是提前预防乙脑病毒感染所导致的脑炎疾病。乙脑减毒活疫苗能够刺激产生抗体，免疫功效非常好，并且保护周期长，一般需要接种两次，前后接种需要间隔一年，防止其不良反应给孩子身体造成负面影响。
乙脑减毒活疫苗的事故率就目前而言还比较低，但不能说根本就不是这样，因为还没有专门的数据。
但诚然，正常小儿接种乙脑减毒活疫苗有利无害，事故问题亦极少发生。如果注射了不安全的乙脑减毒活苗，那么就可能导致孩子们感染上丙型肝炎病毒，从而影响到他们以后的生活和学习，甚至还会威胁到国家和人民的生命财产安全。接种乙脑减毒活疫苗，导致意外发生的原因，主要原因仍是孩子自身有家族遗传病史，或先天疾病，因此，接种疫苗后，才能出现异常反应，对需接种乙脑减毒活疫苗者，或建议事先核对。
乙脑减毒活疫苗后发烧可以采用物理降温，额头可以贴退热贴，用温水擦洗腋窝、前胸后背以及腘窝等部位，帮助散热退烧，也可采用药物降温，发烧期间注意休息，多饮温水。