乙脑灭活疫苗和减毒疫苗的主要区别在于，乙脑灭活疫苗是死病毒制成的疫苗，不良反应发较少，需要进行多次注射后，才能在宝宝体内形成抗体。多次接种又增加了宝宝的痛苦以及不良反应的发生率。而乙脑减毒疫苗属于活疫苗，存在一定的接种排斥，不良反应相对较明显，但是接种效果好，接种次数少，对宝宝的伤害减少，容易被家长接受。因此，乙脑减毒疫苗要比减毒疫苗好一些。
乙脑减毒活疫苗和乙脑灭活疫苗的区别是在于维持的时间不同。乙脑减毒活疫苗接种次数比较小，一般是只需要接种两次，而且维持的时间也会比较长，而且真空干冻可以长期的保存，乙脑活灭疫苗是一种免疫原性的一种生物制剂，优点是注射以后毒力不能回升，安全性比较好也比较稳定，注射以后维持的时间会比较短，大概只能维持3年到5年左右，需要多次的接种。
乙脑灭活疫苗与减毒疫苗有很大的不同之处，就是因为乙脑灭活疫苗是由死病毒制作而成，副作用比较小，要经过多次的注射，才能在婴儿体内产生抗体。
反复的注射会使婴儿的疼痛和副作用的发生率提高。乙脑减毒疫苗是一种活疫苗，有一定的免疫排斥作用，副作用比较大，但是免疫效果好，接种次数少，对孩子的危害小，更容易为父母所接受。所以，乙脑减毒疫苗优于减毒疫苗。
乙脑灭活疫苗和减毒疫苗各有优缺点。
第一，处理不同，概念不同。灭活疫苗是彻底杀灭了细菌或者病毒的活性，而减毒疫苗只是部分杀灭病原体的活性。第二，安全性不同。灭活疫苗因为彻底杀灭了病原体，所以安全性高，比较容易保存且没有污染的风险。而减毒疫苗本身病原体还是存在一定的活性，相对副作用会大一些。第三，效果不同。减毒疫苗可以在体内长时间起作用，诱导身体出现免疫反应的效果更强。
建议在打疫苗的时候去正规医院进行注射，如果发现不良反应应该及时联系医生，以免造成不必要的后果。
乙脑灭活疫苗副作用有局部出现红肿、疼痛，1-2天内消退。少数有发热，一般均在38℃以下。少数有头晕、头痛、不适等自觉症状。偶有皮疹，血管性水肿和过敏性休克发生率随接种次数增多而增加。
乙脑减毒活疫苗一般情况下是免费的。
目前常用乙脑减毒活疫苗，就是用流行性乙型脑炎的减毒株病毒，经过培养后增加保护剂冻干而制成的，属于一类疫苗。由于乙脑是一种能够侵害中枢神经系统的急性传染性疾病，且患病后患儿常常会出现抽搐、颅脑神经瘫痪、共济失调、肢体瘫痪或强直，严重的情况下甚至出现昏迷和死亡。
一般要求8个月以上的健康婴幼儿，以及非流行地区的健康人群，都要注射乙脑疫苗。接种乙脑疫苗，是预防流行性乙型脑炎的有效措施。