接种乙脑疫苗几乎没有什么副反应，个别的孩子会出现两天以内的轻微的发热的症状，均在38℃以下。此外七岁以上的孩子儿童如果是需要加强接种的时候，接种的部位可能会出现红肿，偶尔也有血管性的水肿和过敏性的休克，发生在注射后的10-30分钟。
乙脑疫苗包括乙脑减毒活疫苗和乙脑灭活疫苗两种，两种疫苗的接种时间是有区别的。首先是乙脑灭活疫苗是国家规定基础免疫共注射两针，出生后满6个月的婴儿，开始接种第一针，7到10天后接种第二针，一岁半到两岁左右，以及四岁的时候，各加强一针，六岁的时候再加强一针。其次是乙脑减毒活疫苗是1岁的时候接种第一针，2岁时加强免疫一针，7岁时再加强免疫一针。
打完乙脑疫苗包括局部和全身反应，通常在72小时之内可缓解。局部反应如身体注射部位会出现发红，一般24小时会自行消退，全身可能伴有发热，通常体温在38℃以内，通过多饮水多排汗就可将多余的增高的体温进行代谢和代偿，还会出现例如打喷嚏、流鼻涕等情况发生。
当持续出现异常反应时，建议家长应及时带宝宝去医院，在医生的指导下对症处理，期间注意保暖，多饮用温开水。
乙脑疫苗自费比乙脑疫苗免费多了如流感疫苗、水痘疫苗、肺炎疫苗。免费疫苗也叫一类疫苗。是国家通过财政补贴给宝宝接种的疫苗、基本上是国产疫苗、是监护人必须给宝宝接种的，接种费、疫苗费全部是免费的。自费疫苗也叫二类疫苗，是计划外疫苗、没有在国家免疫规范程序内所必须接种的疫苗、供自愿选择的一类疫苗，这类疫苗的接种费、疫苗费都由宝宝的监护人支付。
乙脑疫苗是预防流行性乙型脑炎的有效措施。流行性乙型脑炎是由携带乙脑病毒的蚊子叮咬人后感染引起的脑实质病变。乙脑疫苗分为灭活疫苗和减毒活疫苗两类，也可出现红肿或皮疹现象，但大多症状较轻不需特殊处理，两天内可自行缓解，对个别出现严重过敏反应的，应及时采取针对措施。
乙脑（减毒）疫苗和乙脑疫苗的区别，疫苗是一种病毒，而乙脑疫苗中的细菌经过技术处理完全丧失活性，而乙脑减毒疫苗仍保留一定的毒力但不足以致病，但缺点是免疫缺陷的人接种可能会导致意外，所以理论上灭活疫苗安全性更高，减毒疫苗免疫效果更好。
