因为有的孩子打了这疫苗后会出现副作用，首先表现为发烧，除此之外，部分可伴有头痛，头晕，全身无力，寒颤，恶心，呕吐，腹痛，腹泻等。如果这些症状比较严重而没有得到及时的治疗，就会导致死亡。
乙脑炎的症状通常是反应速度变慢、记忆力见图等。
乙型脑炎病毒可能会导致乙型脑炎的发生，通常会影响到中枢神经。乙型脑炎的临床症状通常取决于病变的位置和病变的范围。如果是额叶，颞叶病灶发生病变，通常会有精神上的不正常的情况，患者的反应也比较慢。如果是额叶、顶叶、颞叶的病变，可能会导致癫痫的发生。也有部分患者出现海马体受累的情况，可能会导致认知能力的减退，出现记忆力减退，计算能力下降的现象，时间和空间定向力也会受到影响，甚至会出现偏侧肢体的活动不灵活，偏侧肢体的麻木等症状。
乙脑减毒活疫苗事故率并不是很大。乙脑减毒活疫苗是预防乙脑的有效手段，流行性乙脑是由昆虫为媒介传播的，人和牲畜共同患病的疾病，此病起病急，会突然出现高热、惊厥、昏迷，痉挛性瘫痪等中枢神经系统疾病，严重者危及生命。
乙脑减毒活疫苗后发烧可以采用物理降温，额头可以贴退热贴，用温水擦洗腋窝、前胸后背以及腘窝等部位，帮助散热退烧，也可采用药物降温，发烧期间注意休息，多饮温水。
乙脑减毒活疫苗是国家规定的在计划内的免疫接种疫苗，注射乙脑减毒活疫苗主要作用就是提前预防乙脑病毒感染所导致的脑炎疾病。乙脑减毒活疫苗能够刺激产生抗体，免疫功效非常好，并且保护周期长，一般需要接种两次，前后接种需要间隔一年，防止其不良反应给孩子身体造成负面影响。