注射乙肝疫苗后，人体免疫系统会对疫苗中的蛋白质抗原产生反应，一般在注射疫苗后大约一个月左右就会产生抗体，刚开始抗体水平很低，到了第二针，抗体水平就会迅速上升，很快就能抵抗乙肝病毒感染。接种乙肝疫苗后，从理论分析半个月后会逐渐产生抗体。不过早期抗体的浓度比较低，接种三针结束后，90%以上的患者都会出现保护性抗体。
接种乙肝疫苗是为了预防感染乙型肝炎病毒，目前接种乙肝疫苗方案就是第一次打了第一针，之后一个月的时候打第二针，第六个月的时候打第三针，前面两针主要是产生抗体，第三针主要是加强抗体的，在打完第三针之后过两个月也就是第八个月的时候可以做乙肝两对半检查化验看有没有抗体。
接种疫苗注射3针后1个月97%的人都可测到表面抗体；乙肝疫苗接种后产生的抗体水平随时间逐渐下降。第2年仍保持在这一水平；第3年降到74%左右，抗体滴度也下降。是否需要再次接种疫苗，主要是要在测定乙肝表面抗体的滴度后，决定何时再打乙肝疫苗。
每个人接种乙肝疫苗后产生抗体的时间都不一样，乙肝疫苗的接种，需要在六个月内注射三针，正常接种第一针乙肝疫苗以后，就会有约30%的人产生乙肝表面抗体，但是抗体的滴度不高，效果很不稳定，在接种第二针疫苗以后，会有约有90%的人产生抗体，而在接种第三针疫苗后抗体的阳性率可以高达96%以上，而且抗体的滴度很高，免疫效果非常好。就是说接种乙肝疫苗后疫苗产生表面抗体的时间，多数人都在六个月以上。
乙肝疫苗在注射第一针后，30%的人产生表面抗体，第二针后50到70%的人产生表面抗体，第三针90%的人产生表面抗体。在全程注射完乙肝疫苗一个月后，应再次检测乙肝表面抗体产生抗体。
乙肝疫苗打一针产生抗体定量大于100至少可以持续5年-7年，抗体的水平越高，持续的时间越长，就算抗体水平下降，也能起到很好的保护作用的，因为乙肝的免疫是有记忆的功能的。