引起唇腭裂的原因当属遗传因素，从遗传方面来讲，有兔唇，也就是唇裂的患者，在其直系亲属或者旁系亲属中是能发现类似畸形的发生的，这就是说它与遗传相关的原因，有遗传学研究认为唇裂属于多基因遗传性疾病。从环境方面来考虑，在妊娠的前三个月中，当母体的生理状态受到侵袭或干扰时，是可能影响到胚胎颌面部的生长发育的，比如准妈妈缺乏营养，不忌烟酒，或者受到一些物理损伤等，都可能造成影响。
唇腭裂大多是由于在发育的时候受到感染导致的，也有可能是遗传引起的，不排除是母体在怀孕的时候服用药物导致的。唇腭裂会严重的影响外观，可以到正规的整形医院做唇部修复手术进行改善。随着整形技术的发展，唇腭裂能够得到比较好的治疗，做完整形修复后能够几乎看不出来发生过恶劣。
唇腭裂是口腔常见的先天畸形，发病率约为不高。在一个正常的胎儿中，在生命的第五个星期后，几个胚胎突起逐渐融合在一起形成面部，如未能正常发育便可发生畸形，其中包括唇裂。孕妇在怀孕期间应避免偏食，保证维生素B，C，D及钙，铁，磷的充分摄入，保持心境平和，避免精神紧张。
胎儿唇腭裂形成时期主要是怀孕头3个月，这段时间是非常重要的，如果孕妇缺少叶酸就会容易导致胎儿畸形，另外如果缺少维生素A和B可导致新生儿先天性唇裂、腭裂，这些都是需要特别关注的。
一般在4到6周，胎儿的面部逐渐发育的时候形成的，兔唇是一种先天性遗传病。如果在直系亲属和胎儿的相关家庭成员中有兔唇病人，可能导致胎儿患上这种疾病。此外，环境因素也是兔唇形成的重要原因之一。怀孕期间，如果孕妇有药物过敏、病毒感染、厌食、吸烟和被动吸烟、饮酒等引起的维生素C缺乏，胎儿可能患兔唇病。