治疗的方法有修复腭裂手术的治疗基本原则是延长软腭，闭合腭咽，恢复正常吞咽和发音功能。还有原则治疗的方法，明显提高大龄患者的腭咽闭合率，对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。
治疗方法如下。对症治疗：唇裂修复和腭裂修复的时间不同。唇裂通常可以在宝宝两三个月时通过手术进行修补。唇裂修复手术治疗：一般单侧唇裂修复手术在患儿3-6个月进行，而双侧唇裂手术多在6-12个月左右进行。
可以通过手术到达良好的治疗效果的，但前提是必须按照序列治疗的程序进行治疗。可以利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。也可以利用裂隙邻近组织瓣封闭裂隙，延长软腭，将错位的组织结构复位，以恢复软腭的生理功能。
唇腭裂要初步诊断病患程度如何，然后通过手术而获得良好的预后，但前提是必须按照序列治疗的程序进行治疗，有针对性的治疗。需要根据自身条件，手术需要考虑植皮，需要长时间治疗，还要考虑骨骼发育完善，综合分析，在治疗。
改良兰氏手术治疗：沿裂缝边缘做一纵切口，将粘膜切开；沿压槽突内侧做一松弛切口，在将鼓膜玻璃器自松弛切口插入，将硬腭骨膜完全掀起。对症治疗：对5至10岁的腭裂患者，实施在腭裂整复的同期行华西咽后壁增高术，以助腭咽闭合率的提高。