牙根发黑，最常见的是牙骨质龋，也就是牙齿的根部发生了龋坏形成的发黑，通常来说，牙根发黑多见于牙根都有食物残渣，牙石的刺激，细菌在牙菌斑的作用下发酵产生引起牙齿的脱矿，时间久了就会形成牙骨质的龋坏。除此之外，牙根发黑也常见牙齿长期处于一种黑色的环境中引起的一种牙齿外源性着色。
牙根发黑是因为清洁不好造成的。黑色的是脏东西。而出血是因为牙石太多。到医院做个洗个牙出现的应该为牙齿存在牙结石引起的，掉出的为脱落的牙结石块。和平常刷牙方法不正确有比较大的关系，由于食物残渣及软垢长期附著在牙齿上形成的。
牙周炎是一种比较普遍的慢性口腔疾患，其病因是牙菌斑和牙结石，一般都是根据龈缘位置来划分。
一般有龈上菌斑、结石、龈下菌斑和结石，齿龈上的牙结石是由于唾液中的钙、磷物质沉淀而形成的，而龈下的牙结石则是由于龈沟液中的钙、牙石一旦形成，会吸收到大量的食物，而长期抽烟的人，会导致牙齿发黄发黑，尤其是牙床萎缩之后，牙根裸露，这种情况会变得更严重，而且，牙根发黑，也有可能是因为龋齿，龋齿发展到了中龋和深龋，就会让龋洞的颜色变为黑色。牙周炎是一种比较常见的口腔疾病，需要及时到正规的医院做体检，尽早诊断。
牙根痒可能是由于牙龈炎引起的，牙龈炎的早期表现就是牙根痒，由于食物残渣塞在牙缝里，引发了牙龈炎症。还有一种可能是牙周炎，牙齿表面附着的牙结石过多，刺激牙龈，导致牙龈发炎，红肿，甚至出血，严重的还会使牙齿松动、牙槽骨吸收。
牙根黑有可能是牙根周围存在牙结石，或者是牙根出现了根面龋坏。牙根部的牙结石是由于牙周炎所引起，牙周炎局部会有很多的牙结石，牙结石向根方发展，覆盖在牙根表面，就会出现牙根变黑。在临床上通过龈下洁治、刮治、根面平整，可以将牙结石去除。如果是牙齿根部出现了根面龋坏，牙齿根部会有比较明显的凹陷，出现硬组织的缺损，是龋齿，需要进行充填治疗。