口腔溃疡的治疗，主要是去除病因、增强体质、对症治疗。首先应该去除口腔内的不良刺激因素，比如残冠、残根、不良修复体、不良正畸等，同时戒烟限酒，不要吃辛辣刺激性的食物。其次多吃水果、蔬菜，多吃高蛋白的食物，补充机体所需要的营养及维生素，并且服用消炎药物。
反复口腔溃疡主张药物治疗，首选药物是糖皮质激素，和免疫调节剂，还可以选择中医中药治疗和调整。口腔溃疡就是口腔黏膜上皮的全层破坏，最常见症状是疼痛，最常见的溃疡是复发性口腔溃疡、口炎型口疮、腺周口疮。
儿童口腔溃疡治疗需要找出诱因，排除可能的致病因素。
需要增强儿童体质，减轻局部症状，促进溃疡愈合，刷牙时要注意避免口腔溃疡，选择软毛牙刷。要多喝水，多吃新鲜蔬菜和水果。饮食方面要注意清淡，注意大便通畅，避免偏食。同时需要注意维生素的补充，可以通过多吃新鲜的水果和蔬菜缓解临床症状。平时还需注意养成规律的生活作息，避免对身体造成影响，降低口腔溃疡出现的概率。
口腔溃疡可以补充体内的维生素C，在吃维生素C的时候一定要多喝水，不要吃一些辛辣食物刺激伤口，还有要多吃点水果蔬菜促进伤口愈合，也可以在患处涂抹对症药物，促进粘膜愈合。
临床所见口腔溃疡大多为复发性口腔溃疡，因为局部疼痛，影响饮食、语言等会给生活带来很大的困扰，所以有口腔溃疡后应该及时治疗，减轻症状。其治疗原则是消除致病诱因，增进机体健康，减轻局部症状，促进溃疡愈合，但是目前还没有特效药物，所以治疗时应针对每个病例的致病诱因和对药物的反应，有侧重地采用治疗方法和药物。