牙菌斑的去除方法有很多种，最常见的方法是通过刷牙去除牙菌斑，刚吃完饭以后如果做菌斑染色，会发现在牙面上大部分都是牙菌斑，但是这些牙菌斑通过刷牙的方法可以完全去除，菌斑染色的部位都可以去除。
牙菌斑的危害是龋病和牙周病，牙菌斑时间一长会形成牙结石，所以要进行洗牙，可每半年到一年一次。平时配合刷牙，用牙线清洁牙与牙之间缝隙。牙菌斑会引发龋病，龋病俗称“虫牙”，这里的“虫”指菌斑中的细菌。牙菌斑牢固地附着在牙面上，细菌摄入唾液中的糖，分解糖产酸，这些酸会破坏牙齿，最终成洞。
牙菌斑严重的可以选择超声波洁牙机洁治，或者手动去除牙菌斑，是口腔内的细菌斑块，不能被刷牙或者漱口去除，牙菌斑粘附于牙面或牙间的软的还没有被口腔唾液钙化的细菌群体，菌斑控制可以通过刷牙去除，刷牙是控制菌斑最有效的方法。
牙菌斑通过刷牙和使用牙线就可以清除干净的，每天饭后可冲洗口腔，冲走牙缝和表面的食物残渣和牙垢。漱口液因为有药物成分在内，也能高效的杀菌，同样有着洁齿的功效。
刷牙是清除菌斑，预防和控制牙周病最有效的最易被人们接受和掌握的方法。刷牙一定要认真刷，每天早晚各1次，刷牙时尤其要刷牙龈与牙齿交界处及两牙之间容易附着菌斑的部位。牙线能有效的清除牙齿邻面的牙菌斑，预防牙周病和邻面龋。牙签。在牙龈萎缩，牙与牙之间出现牙缝的情况下，要借助牙签来清除牙齿邻面的牙菌斑。
