宝宝腭裂形成的原因有很多，有遗传因素，部分患儿直系或旁系亲属中有类似畸形发生。大约有20%左右唇腭裂患儿可查询出有遗传史。感染和损伤，怀孕2个月左右，如果母亲感染过病毒，如流感、风疹或受过某种损伤，这都有可能成为唇腭裂的致病原因。
引起唇腭裂的原因当属遗传因素，唇腭裂患者其直系亲属或旁系亲属中有类似畸形发生。同时环境因素也是引起先天性唇腭裂的原因，营养因素：营养因素也是一种比较严重的原因，很多孕妇在怀孕期间会出现呕吐的情况，之后会有不同程度厌食的情况，这时胎儿摄入的营养是不足的，所以造成维生素缺乏，在动物实验中，用缺乏维生素A、E的食物喂养怀孕小白鼠时，出生的幼鼠常有唇腭裂发生。
遗传因素，唇腭裂的患者往往在其直系或旁系亲属中也可发现类似的畸形。营养因素，各种因素导致的孕妇维生素缺乏都会引起胎儿唇腭裂的发生。感染损伤，内分泌紊乱以及药物因素都会导致胎儿畸形。孕妇频繁接触x线或微波等，都有可能引起胎儿发育异常而导致唇腭裂的发生。有研究表明，吸烟饮酒也会造成胎儿唇腭裂的发生。
发育畸形做了引产，现再次怀孕，患者因有胎儿畸形发育史，本该要做常规的孕前检查，查找引起胎儿先天发育不良原因，但患者还没来得及做。不能确定是否再次发育畸形可能。引产后两个月又检查出怀孕，子宫内膜还未修复好，土地太贫瘠，有可能导致胎儿发育不良，流产可能。患者引产后未积极避孕，产后没多久就怀孕。
一般在4到6周，胎儿的面部逐渐发育的时候形成的，兔唇是一种先天性遗传病。如果在直系亲属和胎儿的相关家庭成员中有兔唇病人，可能导致胎儿患上这种疾病。此外，环境因素也是兔唇形成的重要原因之一。怀孕期间，如果孕妇有药物过敏、病毒感染、厌食、吸烟和被动吸烟、饮酒等引起的维生素C缺乏，胎儿可能患兔唇病。
唇腭裂可以完全修复，要及早带宝宝去做腭裂修复手术，这样会得到完全修复的可能性是非常高的，因为每个人的症状不同，而且肤质也不同，所以会恢复的状况也是有差异的，所以在去做修复手术的时候，要选择正规的大型医院去做，这样相对来说会完全恢复的几率要高一些。