如果结石比较少，也比较小，有咽部异物不适感，或常有气味臭的颗粒样物咳出，可到耳鼻咽喉科，让专业医生取出。如果扁桃体结石比较大，并经常性出现，或由于扁桃体结石存在，引起慢性扁桃体炎反复急性发作，需要行扁桃体切除手术治疗。
扁桃体结石，如果其只是微小的食物残渣慢慢堆积而成，其可以在饭前饭后以漱口为主，都可以清出来。如果清不出，可以考虑用剜匙或者镊子将比较大的扁桃体结石去除。
可以保守治疗，取出扁桃体结石，对于顽固的扁桃体结石保守治疗效果不好，可以考虑扁桃体切除术，能够消除咽部的不适感觉以及口臭。扁桃体结石多发生于扁桃体上隐窝中，长期处于阻塞分泌物引流不畅。
如果是小结石可用刮匙或镊子取出，个别的可用负压吸引取出。如果是大结石在表面麻醉下切开粘膜取出，但需要防止坠入呼吸道，或者用敷贴将药物直接贴于下颌部与扁桃体相对应处，以达到清热解毒、消肿散结的目的。
扁桃体结石根治的方法就是将扁桃体切除，单纯处理扁桃体结石是不够的，还会再次复发。扁桃体结石主要是扁桃体隐窝里大量的细菌、病毒、食物残渣以及脱落的上皮形成的结石样物，从扁桃体隐窝里排到扁桃体隐窝口，会不定期的排出来，较硬而且恶臭，所以有严重的口气。