炎症位于根尖区，虽然进行了根管治疗，根尖区的炎症并没有完全控制，所以还会出现根尖区的疼痛。此时需要把根管治疗的充填物取出，重新进行根管引流，将根尖区的炎症完全引流干净，控制以后再重新进行根管治疗。
根管欠填是根管治疗失败最常见的原因，根管欠填时根尖封闭不良，组织液可渗入根管，导致根管内细菌繁殖，引起急、慢性根尖周炎发生。由根尖周组织损伤引起的疼痛也是常见原因，根管清理及扩大时，激惹根尖的慢性炎症，使患牙发生急性根尖周炎。牙髓未清理干净，根管治疗时根管清理不彻底，根管内仍残留有活力的牙髓，在机械损伤、药物刺激和炎症等因素的综合作用下产生疼痛。
根管医治后的牙齿不会疼痛。根管医治的牙齿，在进行根管医治期间，会有每次术后的2-3天的疼痛，属于正常的现象，医治完以后，牙齿不会再出现痛，观察3个月，如果疼痛还没有减轻，就说明根管医治失败，需要再次的进行。
在做牙齿根管治疗的过程当中，是需要做局部麻醉处理的，所以对于患者而言，在做根管治疗的过程当中是不会感觉到疼的，有的患者在做完以后可能会有术后反应，出现疼痛感觉，会在三天以内消失。
做完根管治疗仍有疼痛不适的现象，需要及时拍片检查，排除是否有根管治疗没有完全彻底所造成的，或者还有残疾的根管，根管弯曲钙化，很难彻底清除干净。需要及时到正规医院的口腔科复诊，重新治疗检查等平时还需保持口腔的清洁卫生。如果疼痛不适难忍的情况，还可以观察一下，因为做完治疗后，牙齿的修复还有一个过程需要1~2个星期左右。
一般来说，根管治疗的过程中不会出现疼痛。治疗过程是通过清除根管内坏死的感染物质，进行适当消毒、充填根管，以去除根管内容物对根尖周围组织的不良刺激，防止发生根尖周病变或促进根尖周病变的愈合。