一般颌骨囊肿都会做外科手术，具体要看具体的部位和体积。
有的部位的囊肿不需要做外科手术，例如某些位于根尖的微小囊肿，一般都可以通过牙科的方法来彻底治愈。另外，也会出现在骨骼的中心，也会出现在下颌升支的部位，囊肿很大，一般情况下，可以采用的是打开的方式来处理，就是通过对囊肿进行开窗减压，使囊肿变成一个袋子，逐渐的收缩，拉张成骨，等体积变小，再做外科手术，这样的损伤相对来说是很轻的。
通常颌骨囊肿可不以自愈。
颌骨囊肿可能不会出现明显的临床表现，也不需要特别的处理，只要坚持做好常规的检查和观察就可以了。但是部分患者患有下颌骨囊肿后，会出现面部肿胀、面部畸形、牙齿位移等情况，伴随局部有疼痛不适，要及时进行外科治疗。术后要注意伤口的干净，同时要及时更换药物，并尽量不要接触到水分，伴有感染时可遵医嘱用药治疗。
颌骨囊肿手术不好做。
颌骨囊肿90%以上都是需要进行手术的。手术的困难程度与下颌骨囊肿的部位及不同的大小有关。一般而言，颌骨囊肿很好处理，手术也很简单，但有些位置特别，很难处理。比如说，在上颌骨的中央或者是牙齿的根尖，因为是浅表的，所以很容易处理。在某些上颌升支和上颌牙的后部，由于手术复杂，位置较深，邻近重要的解剖结构，因此手术的难度和复杂性都很大。因此，手术难度和是否做好取决于位置和囊肿的大小。以上方案只是一个参考，具体药物的用法，需要在专业医师的指导下进行。
颌骨囊肿是指在颌骨内出现一含有液体的囊性肿物，逐步增大、颌骨膨胀破坏，据其发病原因可分为牙源性及非牙源性两大类。早期无自觉症状，继续生长可出现面部畸形、牙齿松动、移位倾斜。危害是颌骨囊肿不及时治疗可造成面部畸形，严重者还可出现骨质破坏。
囊肿出现进行性的增大，而且出现了骨质破坏而的现象，出现了炎症，甚至引起了病理性骨折，就需要手术治疗，需要专业的医院里做颌骨囊肿的病灶清除加植骨的手术。颌骨囊肿，因为是一种良性的病变，所以只要不压迫神经，不引起病理性的骨折，不对周围重要的组织压迫，不出现炎症，一般是可以不处理的。
颌骨囊肿手术伤了神经一般需要及时手术，因为肿瘤会随着时间的推移而增大，会导致更大的骨组织缺损，从而导致病理性骨折或影响更多的牙齿，而影响咀嚼功能。
颌骨囊肿在临床上与颌骨造釉细胞瘤有一定的区别，两者的治疗方法是完全不同的。前者只是单纯的刮除，后者只需0.5cm的切口，否则容易复发。
所以，在术前，需要通过X线片等辅助诊断，如果需要进行活体组检查，或者在术中进行冰冻活检。