一般抗甲亢的药物，最常见的副作用是粒细胞减少。严重粒细胞缺乏症，但主要发生在治疗开始后的2到3个月内，还有就是皮疹，中毒性肝病，之后表现为变态反应性肝炎，转氨酶逐渐上升。所以在服药过程当中，要定期复查血常规，肝肾功能。药物治疗甲亢只能暂时缓解控制，达不到彻底治愈目的，时间长了会伤肝伤肾，造成白细胞的降低，而且治疗不当极易引起癌变。
一般情况下，甲亢药物对胎儿有影响，具体分析如下：
甲亢药物可少量通过胎盘抑制胎儿甲状腺功能，所以孕妇要慎重选择药物，把风险降到最低。怀孕早期首选丙硫氧嘧啶，因为甲巯咪唑片有使胎儿致畸形的情况，使胎儿皮肤发育不全的病例较丙硫氧嘧啶的多。但是怀孕中、后期、哺乳期首选甲巯咪唑片，因为丙硫氧嘧啶对患者的肝功能损害大。
病情控制平稳以后再怀孕。如果甲亢期间怀孕，容易引起早产、流产，胎儿皮肤发育不全。注意低碘饮食，在血常规和肝功能正常的情况下可以口服抗甲状腺药物，尽量怀孕前12周不要口服抗甲状腺药物。
甲亢一般对肾影响不大，但是一旦确诊后必须治疗，因为甲亢如果不治疗，会引起一系列高代谢的体征和体征，如心慌、手抖、失眠、多梦、易生气、体重下降，还会影响胃肠道，大便次数增多，甚至稀便。甲亢如果长时间控制不好或者不及时治疗，都有可能导致甲亢性心脏病的发生，严重的甚至会出现甲亢危象。患者可以按照医嘱使用丙硫氧嘧啶片、甲硫氧嘧啶片等药物进行治疗。
甲亢对生育、生活等可能有影响。
甲亢常表现为情绪激动、心慌、乏力等高代谢症状，可能出现突眼、水肿、心衰等危害。甲亢给生育给生活工作都带来了一定影响，因为不可以太累了，如怀孕等，必须及时治疗，害怕给胎儿及孕妇自身带来生理上的损害，饮食中不能进食含嘌呤较多的食品，如海鲜和海带等、海鱼等能极大地促进甲亢的康复，没事就多出去锻炼。