甲亢同位素治疗最常见副作用为甲状腺功能减退。放射性碘直接杀死体内的甲状腺组织，可导致病人出现甲减，而一旦出现甲减，就需要终身服药。另外，放射碘治疗后，短期向体内释放大量甲状腺激素，可导致短期内甲亢症状加重。而重度甲亢病人在放射碘治疗后可能出现甲亢危象。合并甲亢突眼的病人，在放射碘治疗后突眼可加重。由于碘具有放射性，在同位素治疗后可能出现放射性甲状腺炎，甲状腺肿，甲状腺萎缩等。
一般情况下，甲亢的同位素碘治疗就是碘131治疗，管用。
当服用碘131后，甲状腺细胞就会摄取碘131，碘131释放的射线就会破坏甲状腺细胞，甲状腺破坏后，分泌甲状腺素的能力就会大大下降，从而起到治疗作用。因为身体组织中只有甲状腺细胞能够摄取碘，而碘131属于放射性同位素。绝大多数甲亢患者只需一次碘131治疗就可以治愈。
所以对于抗甲亢药物不能治愈或对甲亢药物不耐受的患者，碘131治疗是非常有效的治疗甲亢的手段。
一般来说，甲亢同位素治疗好吗，需要根据实际情况进行判断。具体分析如下：
同位素治疗甲亢有利有弊。适用于1年内没有生育要求的甲亢患者，甲亢反复发作的病人，口服抗甲亢药物引起白细胞减少、肝功能严重损害和其他原因导致无法继续服药的甲亢患者。所以甲亢同位素治疗好吗，需要根据实际情况进行判断。
建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
甲亢的同位素治疗通常大部分患者1次即可完成，一次处理约半小时。
同位素治疗甲状腺功能亢进的方法是服用治疗剂量的碘131治疗甲状腺功能亢进。有少数病人在进行两次或更多次以后才开始显效。如1次未愈，相隔三至六个月后进行第二和第三次。对于病情较严重的患者需要长期服药才能有效地控制症状，而且要经常监测血中甲状腺素浓度和血钙水平。甲亢采用同位素治疗，治愈率较高，但缺点易患甲状腺机能减退症，甚至出现甲减，只需处理甲减，比较甲亢的治疗也比较方便。
一般来说，对于甲状腺功能亢进的药物，其不良反应主要有三种：
第一种情况，就是服用了药后会有皮疹，这属于一种过敏性的症状，一般会在全身和身体的不同地方都会有皮疹。
第二种是肝功异常，转氨酶增高是甲亢病人的主要症状，肝功异常、转氨酶增高等都很常见。
第三是由于服用了甲亢药物，导致白细胞减少，白细胞的总量减少后，嗜酸性粒细胞的绝对数值也会减少。
用碘131治疗甲亢的副作用一般可分为早期毒性反应和晚期并发症两种。早期毒性反应是指在两周内出现的反应，晚期并发症是指在两周后出现的并发症，常见的是消化系统的反应，如厌食、恶心、呕吐等，此外，尚有乏力、头晕，少数病人有皮肤搔痒及皮疹等，经对症处理和休息后可以消失。