在使用激素过程中可能出现一些副作用。短期系统使用糖皮质激素可出现：情绪改变、神经过敏、高血糖、痤疮样皮损、胃肠道不耐受、食欲增强、失眠、月经改变、水钠滁留、体重增加等。
糖皮质激素的副作用取决于剂量和时间，一般大剂量或长期应用易出现副作用，常见的副作用有高脂血症、高血压、动脉硬化等心血管系统的表现，也可出现胃肠道出血、胰腺炎、消化性溃疡等胃肠道系统的损害。
糖皮质激素对人体有益又有害，具有双面性，因为长时间服用大量的糖皮质激素会诱发或者加剧胃和十二指肠的溃疡；诱发细菌感染；诱发高血压、动脉粥样硬化；诱发糖尿病、癫痫、精神病等，还会导致骨质疏松、肌肉萎缩、多毛、皮肤变薄、高血糖、低血钙，影响儿童的生长发育，过度使用会造成丧失劳动能力。停药后会造成肾上腺萎缩，功能障碍等。
糖皮质激素的副作用有如果使用的剂量太大、使用的时间太长，就会造成身体水肿、无力、多毛、以及还会引发糖尿病和高血压等。糖皮质激素会引发或者是加重感染，这种药物能够降低身体的抗感染能力，让细菌更容易繁殖、生长和扩散。
糖皮质激素乳膏有皮炎平软膏、氟轻松软膏、复方倍氯米松樟脑软膏、丙酸氯倍他索软膏、丁酸氢化可的松软膏、糠酸莫米松软膏等。这些软膏是皮肤科常用的外用药，有抗过敏、消炎、止痒、减轻皮疹等功效。
糖皮质激素的相对禁忌症有，严重的精神病（包括现在和既往病史），癫痫，活动性消化性溃疡，新近胃肠吻合术，骨折，创伤修复期，角膜溃疡，肾上腺皮质功能亢进症，严重的高血压病，难以控制的糖尿病，抗菌药物不能控制的感染，如水痘，麻疹，真菌感染及孕妇等。