长期服用可以引起吸收不良，减少维生素B12在肠道的吸收，时间较长，使血红蛋白减少，产生巨红细胞贫血。还有的会出现消化道症状，比如恶心，呕吐，腹泻等，有时会出现乏力，头晕，皮疹等症状，极少一部分可以出现乳酸性酸中毒。
二甲双胍副作用不大，胃肠道反应，部分患者服用二甲双胍后可能出现上腹部不适、恶心。肝、肾毒性，出现在少数患者中，肝、肾功能不全的患者中禁止使用二甲双胍。最后还有乳酸酸中毒和药物过敏。
二甲双胍的常见副作用是可引起明显的消化道反应：恶心、呕吐、腹痛、腹泻，以及口中金属味，有时还可能导致疲倦、乏力、头晕、皮疹等，另外，长期服用二。甲双胍，可能影响维生素B12的吸收，从而导致巨幼红细胞性贫血。
二甲双胍是治疗糖尿病一线用药，还有减肥的效果，特别适用于肥胖的2型糖尿病患者，副作用就是胃肠道反应，可能会有腹泻，恶心，呕吐等，一般只要能耐受，是没有关系的。还有比较少见的情况是乳酸酸中毒，乳酸高的人不建议用二甲双胍，发热，昏迷，缺氧的情况下不建议用，其他情况基本上是没问题的。
长期吃二甲双胍主要的副作用是恶心、呕吐、腹痛、腹胀等，乏力、头痛、口内有金属味的现象、多发生于早期服药的时间段内，大多可耐受，服药期间多喝温开水促进代谢，有利于缓解副作用。
二甲双胍的主要不良反应包括可引起急性发热，有胃肠道反应。少见恶心、腹痛、腹泻等消化道症状，如在餐时或餐后服用会减少。治疗时出现不耐受的最初迹象时不必停药，会自行消失。在过量时，可能蓄积会出现乳酸性酸中毒。长期使用本品可降低人体对维生素B12的吸收。