会厌囊肿有可能会自己消失的。这种疾病往往是在体检的时候偶然发现的。一般不会有任何的症状，所以不需要特殊治疗，平时不要吃过硬的食物，不要吃过热的食物，注意保暖，避免感冒，尽量不要抽烟饮酒就可以。
会厌囊肿是耳鼻喉科最常见的一种疾病，如果是出现相应症状就需要治疗。治疗主要是通过手术治疗，药物治疗是没有效果的，手术是可以通过支撑喉镜下行等离子会厌囊肿切除术或者通过二氧化碳激光手术。
会厌囊肿手术需要全麻要一个小时左右的时间，手术之后要注意卧床休息，避免过度的劳累，而且不可以喝酒抽烟，也不要吃任何辛辣刺激性的食物。这期间还要适当的补充营养来提高免疫功能，定期的复查。
注意饮食卫生，禁烟酒，不吃辛辣和过于油腻食物。应积极药物抗炎、清咽利嗓、清热解毒对症治疗，并定期复查，口服用药和咽喉局部用药无效时可以考虑微创治疗。药物治疗期间多休息，多喝水。
囊肿可以发生在任何部位，一般里面都是液体，包裹在一层膜内，就像一个皮囊。一般不会有严重的后遗症。现在对会厌囊肿可以通过喉镜直接手术，只要彻底剥离囊壁，治疗效果很好。囊肿癌变的可能较小，但手术切除后必须做病理切片确诊。
慢性咽喉炎伴有会厌囊肿了，主要是由于会厌部粘腺导管堵塞引起的。如果比较大的，一般就是引起咽喉部异物感，堵塞感。这种可以注意观察，如果堵塞感严重的，会厌囊肿，可以进行手术治疗，如果平时没有特殊的感觉，定期复查就可以。