可以通过药物、手术等方式治疗甲亢突眼症。
对于突眼的药物治疗，可以选择强的松等皮质激素，但作用缓慢，病程长，副作用也多。还有一些其它的免疫抑制剂，比如环磷酰氨，也可以起到一定的效果，不过副作用会比较大。除此之外，云克治疗也可以用来改善突眼的症状，但是效果并不是很好。对严重的突眼症可以通过外科手术来进行治疗，但其效果并不明确。对于突眼症较严重的患者，可以采取其它的治疗措施，以减轻眼窝内的压迫，并配合换血疗法。
只要积极的用药治疗，甲亢控制后突眼的症状都会慢慢改善。
皮质类固醇是临床治疗眼球突出症最常用的药物，具有一定的治疗效果。使用方便，但见效慢，病程长，副作用多。其他免疫抑制剂也有一定的作用，但副作用很大。其他方法，如严重眼球突出的放射治疗、血液交换治疗，甚至手术治疗，都不是很确定。中医辨证治疗甲亢，副作用小，疗效值得肯定。
婴儿突眼症需要去医院进行一个甲状腺功能化验及彩超检查，看是不是因为甲状腺功能亢进引起的突眼，若不是可以进行手术治疗。如果是因为甲状腺功能亢进引起的突眼，可以通过药物进行治疗。
对于轻微的甲状腺功能亢进，可以通过口服药物来进行治疗，也可以通过口服药物来达到一定的疗效。日常生活中要多注意眼部卫生。不要食用含盐的食品，不要抽烟喝酒，不要食用辛辣刺激的食品。要有良好的心态，要有战胜病魔的自信，工作上不要过度疲劳，要有一定的规律，不要经常熬夜。另外，患者还要积极配合医生服用甲氰脒唑、丙硫氧嘧啶等药物来治疗。
甲亢的突眼要根据突眼的种类和程度来选择治疗。甲亢突眼分为单纯性突眼和浸润性突眼，单纯性突眼主要表现为眼球轻度突出、眼裂增宽等眼征，与甲亢引起的交感神经兴奋增高有关。浸润性突眼患者的眼部会出现异物感、胀痛、畏光、流泪、复视、视力下降等症状，严重者眼球固定，眼睑闭合不全，角膜外露导致角膜溃疡、全眼炎甚至失明。
甲亢是治疗甲亢的基础治疗方法。随着甲亢的缓解，大部分患者的突眼情况会自行缓解。轻度甲亢突眼是自限性的，一般不需要强化治疗，可以局部治疗，如戴有色眼镜、减轻畏光、使用人工泪液、夜间覆盖角膜等。治疗角膜时，可抬高床头以减轻眶周水肿。根据上述治疗方案，对于活动期、发病6~12个月的中度、重度突眼患者，可给予糖皮质激素冲击治疗，也可采用眶放射治疗、眶减压手术等方式进行治疗。
甲亢形成的突眼一般可以通过保守治疗、手术治疗等方式进行治疗。
甲亢患者形成突眼叫做甲状腺相关性眼病。不仅会影响到视力，还能引起眼部疼痛等症状，甚至还会出现眼压增高和颅内出血等并发症。甲状腺相关性眼病为眼眶疾病中最为多见的一种，是由自身免疫引起的慢性眼眶性疾病。可表现为眼压升高和泪膜破裂出血症状。对甲亢性相关性眼病，目前分三个部分，分别采用手术治疗和放射治疗，和药物治疗。其中手术治疗是最为常用的方法。药物治疗则有免疫抑制和糖皮质激素、肉毒杆菌、毒素，在甲状腺相关性眼病急性发作时，这些疗法能尤其有效地改善软组织炎症。