支气管镜检查的副作用，最常见的有出血、气胸、发热、喉痉挛、麻醉药品反应等。而术后发热是最常见的，发病率约占6%左右，可以继发肺部细菌感染、菌血症，甚至致使败血症偶有发生。操作中最常见的是喉部痉挛，是麻醉药品所致的严重并发症，常在支气管哮喘或慢性阻塞性肺部疾病患者插进时发生。严重时可能会抽搐，呼吸抑制，甚至心脏骤停。
支气管镜检查的费用大多在几百元左右。
如果仅做普通支气管镜检查，不做进一步的治疗，费用在400-500元之间。如果需要做进一步治疗，比如做肺泡灌洗、黏膜活检术或者做经支气管镜肺活检术、经支气管镜淋巴结活检术，甚至做经超声支气管镜淋巴结活检术等，这些检查或者治疗费用就高了，费用可以是1000-2000元，也可以是4000-5000元。
支气管镜检查后会咯血，若量较少，多数属于正常现象。主要由于在进行支气管镜检查过程中，会引起鼻腔、支气管黏膜损伤，出现少量咯血。再者，在此项检查过程中，若有异物存在，活检时也会出现支气管咯血。需要注意的是，若咯血量在可控范围内，不用特殊处理；但是若咯血量较大时，则要引起高度重视，要及时查找原因进行处理，避免出现窒息，危及患者生命。
检查术后注意休息，要严格卧床休息，免剧烈活动，支气管镜检查以后，防止麻药并发症，包括出现误吸或呛咳等症状，应两小时内禁止进食，要求采取患侧卧位。少数在术后会出现咯血，如果咯血量多，会进入正常支气管，出现窒息风险，所以术后要求取患侧卧位。
支气管镜检查费用在120元-220元左右。
针对肺炎做支气管镜的检查的比较多，多采取局麻的方式。支气管镜检查主要分为两种，一种是普通纤维支气管镜检查，费用一般为120元-150元左右，另一种是电子支气管镜检查，这种费用一般为180元-220元左右。
支气管镜检查风险比较大，支气管镜是属于侵入性的一种操作的，检查过程中可能会有引起窒息，局部的出血，黏膜损伤的可能性，局部会使用麻醉药物，一般不适症状不会很明显的。