支气管镜检查的副作用，最常见的有出血、气胸、发热、喉痉挛、麻醉药品反应等。而术后发热是最常见的，发病率约占6%左右，可以继发肺部细菌感染、菌血症，甚至致使败血症偶有发生。操作中最常见的是喉部痉挛，是麻醉药品所致的严重并发症，常在支气管哮喘或慢性阻塞性肺部疾病患者插进时发生。严重时可能会抽搐，呼吸抑制，甚至心脏骤停。
通过支气管镜检查，可以有以下作用，不明原因之咳血，不明原因声音沙哑者，不明原因横膈上升者。肺癌诊断及分期的依据，利用支气管镜做切片以得到组织诊断。良性支气管病变之诊断。诊断弥漫性肺部疾病。
检查术后注意休息，要严格卧床休息，免剧烈活动，支气管镜检查以后，防止麻药并发症，包括出现误吸或呛咳等症状，应两小时内禁止进食，要求采取患侧卧位。少数在术后会出现咯血，如果咯血量多，会进入正常支气管，出现窒息风险，所以术后要求取患侧卧位。
支气管镜检查是指将支气管镜经过口腔，或者鼻腔通过声门放入支气管的下呼吸道，观察气管和支气管的病变。支气管镜可以分为硬质支气管镜和软性支气管镜。可以检查支气管，细支气管腔内的病变，像支气管内结核，肿块，中心性肺癌。还可以观察周围型肺包块结节，检查支气管腔外病变，其他还可以经支气管镜活检，做支气管肺泡灌洗术等。
支气管镜检查后应严格卧床休息，避免剧烈活动；为防止吸入或咳嗽等麻醉并发症，应在两小时内避免进食，也不要不要喝水；尽量不要进行重的体力活动，特别是用力咳嗽，如果用力咳嗽或者做体力活动以后，会引起咯血。此外，支气管镜检查一般需要侧位。少数患者术后会出现咯血，拉咯血量大，会进入正常支气管，有窒息的危险，因此，术后需采取侧卧位。由于喉咙有麻药的作用,咽喉部会有不适觉，建议不要用力的咳嗽。出现发烧需要与肺部感染鉴别。