一般来说，小儿疱疹性咽峡炎的治疗方法有日常调理、药物治疗等。
小儿疱疹性咽峡炎通常是肠道病毒感染引起的，主要表现是高热、拒食、口水增多等。家长给孩子适量吃流质饮食，并注意食物的温度不宜过高，避免刺激破溃的口腔粘膜；并遵医嘱给孩子口服蒲地兰、蓝芩口服液，如果孩子出现持续高热不退、精神萎靡的症状，则需要输液治疗，避免病情加重。
疱疹性咽峡炎主要的治疗办法是抗炎、抗病毒治疗及雾化吸入治疗，通常是口服药物治疗即可，如果病人发烧症状明显，可以配合口服退烧药物，如果病人体温升高较为明显，达到38.5℃以上，需要及时的口服退烧药物，如果体温在37-38℃之间，多喝水，适当物理降温即可。
若是出现轻度或是中度的发热症状时，需要以物理降温为主，一旦体温超过38.5度时，则应当遵医嘱使用一些退热药物，尤其是伴有高热惊厥的患儿，则应当引起高度的重视，合理使用镇静剂以及止痛剂。
疱疹性咽峡炎可有咽痛，发热，咳嗽，检查可见咽部疱疹，抗炎抗病毒治疗有效，初选哮鸣音考虑初选支气管哮喘或者喘息性支气管炎可能，需要雾化吸入治疗，还需坚持输液治疗，去医院进一步检查，明确病情，合理治疗，做好护理，避免出现喘憋。
疱疹性咽峡炎临床表现常有高热，体温达到40度以上，咽痛，软腭及颊粘膜处可见小的淡红色滤泡，局部破溃后，疼痛加重。一般多见于儿童，因为是病毒感染，有自愈性，急性期主要是控制体温，38.5度以下可以用温水擦拭手心，脚心。
治疗小儿疱疹性咽峡炎，首先要应用抗病毒的药物对症治疗，根据病情的严重程度决定给药的途径，可以口服、局部雾化吸入和静脉滴入。一般此类疾病不应用抗生素，除非血常规检查白细胞和中性粒细胞增高，提示合并细菌感染，才应用抗菌素。同时要多饮水和流质饮食，补充患者的液体量。出现高热时要及时应用解热药物，避免引起高热惊厥。