疼痛期主要表现为牙痛，咽痛和口腔溃疡。
水泡期口腔黏膜的任何区域均可出现簇状小水泡，仿佛针头那么大，尤其在乳磨牙龈缘附近更甚，泡壁通透，粉碎后形成浅表溃疡。溃破后有少量脓性分泌物流出，疼痛难忍。糜烂期时水泡少，而汇集成簇、溃破后则可造成大范围糜烂。恢复期，在口腔溃疡和粘膜充血水肿消退后，复盖一层淡红色或白色假膜。愈合期全程需7~10天，糜烂面渐渐萎缩痊愈。
疱疹性口腔炎的临床表现有发热。发病时，发热可高达38°C~40°C，通常在1~2天后出现齿龈，唇内侧及舌部、颊粘膜及其他部位口腔粘膜上发生单个或簇状小疱疹，其直径约为2mm，四周发红，很快溃破成溃疡，被黄白色纤维素性分泌物，数个溃疡可以融合为不规则大溃疡，有时软腭，舌，咽部受累。建议患者及时就医，在医生的指导下对症使用药物或者采取手术进行治疗。
前期症状较重，可出现发热、头痛、疲乏不适、肌肉疼痛、淋巴结肿大等症状。口腔黏膜任何部位均可受累，以邻近乳磨牙的上腭和龈缘处最明显，主要表现为成簇小水疱，易破，形成大面积糜烂面。
疱疹性口腔炎前期症状较重，可出现发热、头痛、疲乏不适、肌肉疼痛、淋巴结肿大等症状。口腔黏膜任何部位均可受累，以邻近乳磨牙的上腭和龈缘处最明显，表现为成簇小水疱，易破，形成大面积糜烂面。
疱疹性口腔炎可能会传染。
疱疹性咽峡炎、疱疹性口腔炎、手足口病都是由病毒感染引起的，病毒一般以肠道病毒为主，临床上很难鉴别，需要通过病毒抗体进行鉴别。这种病毒感染引起的疾病具有传染性，需要进行抗病毒治疗和对症治疗。注意口腔卫生，饮食清淡，多喝水，一般一周左右即可痊愈。如果持续高热或者精神状态不佳，建议患者及时就医。
如果是单纯的疱疹性口腔炎，需要及时进行有效的处理，一星期后即可完全康复。
采用一种抗病毒疗法，疱疹性龈口炎是由于单纯疱疹病毒所致的口腔病变，粘膜会产生大量的充血水肿，形成大量的小水泡。如果是破溃的患者，出现了细菌感染，会导致伤口的恢复速度延长，所以要养成良好的生活习惯和饮食习惯，避免食用一些易引起上火的食物。