副作用首先是心脏毒性可产生氧自由基，损害心肌，导致心功能不全、心律失常等，严重者可导致患者死亡，其次是骨髓毒性可抑制骨髓造血功能，导致血小板减少、白细胞减少、贫血等。同时还有其他副作用。
一般情况下，婴儿注射红霉素，可能会有胃肠道反应、引起过敏反应、造成肝脏损害等副作用。
注射用红霉素是一种抑菌抗生素，属于大环内酯类抗生素，有一定的副作用。其比较常见的副作用就是胃肠道反应，可能会出现食欲下降、恶心、呕吐、腹部不适、腹泻等症状如果婴儿对该药过敏，还可能引起过敏反应，从而引起荨麻疹、药物热等现象；如果家长擅自给婴儿使用较大剂量的婴儿注射红霉素，且使用的时间比较久，可能会造成肝肾功能损害。
琥乙红霉素片的副作用可以造成肝毒性反应，还可以出现消化道的症状，乏力、恶心、呕吐、腹疼、皮疹、发热、黄疸等，也可以出现过敏反应。还有其他方面的反应，比如可造成心律失常。
主要可能会出现肝功能的损害，因为这种药物有潜在的肝毒性，如果长期或大剂量的服用可引起胆汁淤积和肝酶升高，尤其是只挂红霉素更容易出现这种情况。还可以导致耳鸣，听觉减退，尤其是注射用药的时候容易出现，还容易出现消化道反应，恶心，呕吐，肚子疼，腹泻。
罗红霉素主要不良反应为腹痛、腹泻、恶心、呕吐等胃肠道反应，但发生率明显低于红霉素。偶见皮疹、皮肤瘙痒、头昏、头痛、肝功能异常，出现谷丙转氨酶以及谷草转氨酶升高等，还有可能出现外周血细胞下降，白细胞降低，血小板降低等。
主要不良反应为腹痛、腹泻、恶心、呕吐等胃肠道反应，但发生率明显低于红霉素。偶见皮疹、皮肤瘙痒、头昏、头痛、肝功能异常，出现谷丙转氨酶以及谷草转氨酶升高等，还有可能出现外周血细胞下降，白细胞降低，血小板降低等。