两种药有不同的适用方向。阿莫西林主要对上呼吸道疾病、支气管炎等全身感染性疾病效果比较好，而头孢克肟主要用于下呼吸道感染效果比较好如肺炎等。一般感冒的初期病程都是鼻塞，流鼻涕，发热，咳嗽等上呼吸道感染症状，所以只能在前期按模型体现出主要的治疗效果。
头孢克肟对细菌感染效果较好，阿莫西林对支原体、衣原体感染效果较好，对大多数细菌有效。
阿莫西林主要对上呼吸道疾病、支气管炎等全身感染性疾病效果比较好，而头孢克肟主要用于下呼吸道感染效果比较好，如肺炎等。阿莫西林是临床上一种最常用，目前应用较为广泛的口服半合成青霉素，口服吸收好，但是容易耐药，服用前要询问是否有过敏史。而头孢克肟是第三代头孢类，具有抗菌谱广、抗菌作用强、耐青霉素酶、过敏反应较阿莫西林少见等优点，可用于一些比较严重的感染。一般感冒的初期病程都是鼻塞，流鼻涕，发热，咳嗽等上呼吸道感染症状，所以只能在前期按具体症状体现出主要的治疗效果。
阿莫西林是一类青霉素的抗生素，它的作用特别是对革兰氏阳性菌有比较良好的杀菌作用和治疗效果，特别是有些酗酒，喝了酒的病人，有泌尿系感染或者是做过手术病人，不能用头孢，就主张用阿莫西林，同时怀孕前5个月的孕妇也可以建议用阿莫西林。但阿莫西林这一类型的药，青霉素过敏的、头孢过敏的这类患者是禁忌使用的。
感冒吃阿莫西林还是头孢克肟要根据感冒类型来判断。
如果是细菌性感冒，可以选择抗生素进行治疗，应该优先选择头孢，头孢属窄谱抗生素，对引起上呼吸道感染的致病菌更有杀灭作用；而阿莫西林是一种广谱抗生素，不但对上呼吸道的致病菌有作用，对胃肠道的细菌也有作用，对上呼吸道的细菌针对性不强，杀灭能力也不如头孢，所以最好吃头孢，也可以用其他抗生素来对症支持治疗。
建议在医生的指导下进行服药，平时多锻炼身体，多喝水，注意休息，多吃蔬菜水果，不要吃太多热气食物。
头孢克肟和阿莫西林，都是抗生素用药，阿莫西林是一种最常用，应用较为广泛的口服半合成青霉素，口服吸收好，容易耐药，头孢克肟是第三代头孢类，具有抗菌谱广、抗菌作用强、耐青霉素酶、过敏反应较阿莫西林少见等优点，可用于一些比较严重的感染。
头孢克肟胶囊和阿莫西林都属于一种消炎药物，阿莫西林属于青霉素类的，头孢克肟片是属于头孢类的药物，他们都是消炎药，但是不是一类药，治疗发烧感冒，头胞克肟效果好点。
头孢类的药物和阿莫西林都是抗生素，主要针对细菌感染，不具有直接的可比性。抗生素的应用需要由专科医生指导，所以假如患者有不适症状，建议到当地正规医院就诊，在专科医生指导下进行规范的诊疗，不要私自滥用抗生素。