任何侵入性的检查都是有风险的，但有时为了明确诊断，进行侵入性的检查是有必要的，支气管镜好处在于它可以活检，取一点气管的细胞出来，在显微镜下看到底有什么病，这样就可以确诊，所以危害不大的。
麻醉风险：在治疗过程中可能出现麻醉意外，以及偶尔麻醉以后会出现后遗症等；呼吸困难：因为儿童在进行检查过程中不配合，容易出现喉头水肿，引起呼吸困难；低氧血症：部分高反应性的患儿，会出现严重支气管痉挛，导致严重低氧血症，危及患儿生命。
支气管镜是现在经常用于检查支气管以及气管病变的一种十分常用的方法，在做这种检查的时候，可能会稍微感觉到有一些痛苦，但是一般都在承受范围之内。除了疼痛没有危害。
费用在400到500元之间，大概时间在30分钟以内，如果仅做普通支气管镜检测，做肺泡灌洗，黏膜活检术或者做经支气管镜肺活检术，经支气管镜淋巴结活检术，甚至做经超声支气管镜淋巴结活检术等。
支气管镜检查风险比较大，支气管镜是属于侵入性的一种操作的，检查过程中可能会有引起窒息，局部的出血，黏膜损伤的可能性，局部会使用麻醉药物，一般不适症状不会很明显的。
中央型肺癌可以通过支气管镜确诊，周围型肺癌需要通过超声支气管镜，如附有电磁导航的支气管镜取活检进行病理诊断。通过支气管镜还能检查的疾病包括肺部感染患者、支气管内膜结核患者、异物误吸患者、气管狭窄患者等。
