该类囊肿的治疗方法，仅有手术治疗一项，但是手术治疗有一定的复发率。手术完整切除该囊肿同时，摘除周围可疑性的腺泡，可以达到根治该囊肿的目的。但是很多情况下，粘液囊肿有复发的可能。
粘液腺囊肿一般采取的是手术切除治疗的方法，如果不能够确诊，可以进行病理检验。手术切除的方法通常首先需要进行局部麻醉，并且消毒，彻底消毒以后进行切开，常做的是梭形切口。将嘴唇内的黏膜切开以后，暴露出肿大的粘液腺腺体，摘除部分腺体并且完整的摘除粘液腺囊肿，去除泡壁，然后再进行缝合治疗。
这是粘液腺囊肿的表现粘液囊肿又称粘液腺囊肿在口腔粘膜下组织内分布着数以百计能分泌无色粘液的小涎腺称为粘液腺以下唇、软腭、舌尖腹面分布最多其排泄管开口于口腔内由于排泄管受到创伤粘液外漏而形成囊肿。多次复发或有瘢痕粘连的囊肿可行切除术；亦可考虑采用硬化剂注射冷冻或激光治疗，药物无效。
粘液腺分布在口腔上下唇，上腭、舌等位置，是分泌粘液的小唾液腺，相对于腮腺、颌下腺、舌下腺三对大唾液腺而言，小粘液腺较多，而粘液腺囊肿是因为腺体堵塞，导致唾液无法排出形成的潴留囊肿。上下唇粘膜下有大量唇腺腺泡，唇部粘液腺囊肿较多发，主因有咬唇习惯病人，而舌尖处的粘液腺囊肿，有一个名字叫舌前腺囊肿。治疗上主要是手术切除，这样更加彻底。切除后囊肿有复发几率，需定期随诊。
口腔粘液腺囊肿是由于粘液腺表面的腺口由于受到炎症、牙齿摩擦后产生肿胀堵塞，引发黏液堆积产生的囊肿，早期由于粘液腺口是由于炎症引发的，待炎症恢复之后，囊肿会自行愈合消散。对于疤痕形成的粘液腺口堵塞形成的囊肿，不能自行愈合。
粘液腺囊肿为良性病变，常因粘液腺导管阻塞所致。该病可自愈，可观察一段时间，在饮食上应少吃辛辣、油炸食品，可直接手术切除。与周围粘膜无粘连的囊肿可行摘除术；多次复发或有瘢痕粘连的囊肿可行切除术；亦可考虑采用硬化剂注射，冷冻或激光治疗。