幼年特发性关节炎，总体预后较好，适当处理后75%的患者不会严重致残，并发症主要是关节功能丧失和虹膜睫状体炎所致的视力障碍，但是，就个例而言，预后难测，有些人在历经数年缓解后，在成人期，偶尔也会出现复发，有人就认为类风湿因子阳性滴度越高，预后越差。
幼年特发性关节炎，总体预后较好，适当处理后75%的患者不会严重致残，并发症主要是关节功能丧失和虹膜睫状体炎所致的视力障碍，但是，就个例而言，预后难测，有些人在历经数年缓解后，在成人期，偶尔也会出现复发，有人就认为类风湿因子阳性滴度越高，预后越差。
一般治疗，在急性期要予以卧床休息，病情好转以后，要适度活动。药物治疗，药物治疗主要有止疼药、免疫制剂、激素类药物等。康复训练，如患儿腿伸不直时，可使用夹板帮助其将腿伸直，康复训练可以纠正关节畸形、防止发生关节残疾。
幼年特发性关节炎彻底治愈较难，一般患者停药之后，将来还是有可能复发，复发的原因往往是因为病人依从性不好，也有患者认为药物治疗的副作用较大，自动停药等；幼年特发性关节炎患儿治疗后虽然有可能复发，但在未复发时可以和正常人一样学习、工作。
治疗主要以物理治疗为主，用理疗仪或者神灯、红外线在颞颌关节表面进行微波治疗，一次20分钟，半个月一个疗程，促进颞颌关节处血液循环加快，从而达到消炎、减轻肿胀的目的；还可以用热毛巾、热水袋等热敷，改善颞颌关节局部炎症。