如果甲状腺良性囊肿是小鸡蛋大小，通常要手术。手术后要坚持吃药，甲状腺囊肿有良恶性之分，良性甲状腺囊肿都采用保守中医治疗，中医治疗也比较认同，只要及时去医院治疗，甲状腺囊肿是可以恢复的。
甲状腺囊肿治疗主要依据甲状腺囊肿的肿物多少、大小来决定。较小甲状腺囊肿无需治疗，较大甲状腺囊肿或者短期内迅速增大的甲状腺囊肿。由于甲状腺囊肿多数是良性，手术切除之后，一般无需再进行其它方面的治疗。但是如果甲状腺囊肿较多，甲状腺组织也进行了部分切除，可能造成一部分病人甲状腺功能减低，术后还需配合进行甲状腺激素的治疗。
卵巢囊肿是妇科常见病，卵巢囊肿是否需要进行手术切除，需要专业的医师进行判断，借助B超，CT，核磁等影像学检查、实验室检查结果判断肿瘤性质。卵巢单纯性囊肿，直径＜5公分，可观察2一3个月，如自行消失属于功能性囊肿，如持续存在，继续生长，则需手术治疗。
甲状腺囊肿不是必须手术。
甲状腺囊肿并不一定非做手术不可，疾病的处理方案以结节有无多发及结节的大小为标准，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。在临床上有一些特殊类型的甲状腺囊性结节应考虑到外科手术切除。甲状腺囊性结节，绝大部分为甲状腺之结节或腺瘤退变所致，囊肿中还含有血液及微混液体，与四周界限明显，纹理坚硬，通常无触痛，核素扫描为冷结节，少数病人为先天甲状腺舌骨囊肿。甲状腺囊性结节治疗需依据结节有无多发及结节尺寸，结节边界完整与否，是否钙化等来判断。
甲状腺双面叶出现囊肿，大部分是良性疾病。
结节性甲状腺肿导致部分分泌功能随着结节的增大，发生囊内出血，就会成为甲状腺两侧叶的囊肿。囊肿比较小，不用处理，定期观察即可。双侧叶形成大囊肿或囊室性肿瘤，如果出现压迫症状或有困难，应进行手术切除，必要时可穿刺吸囊液，减少症状。因此，出现双侧叶甲状腺囊肿的患者应到正规甲状腺外科或专科医生进行详细咨询和诊断，并选择适当的治疗方法，以消除或治疗甲状腺双侧叶的囊肿。
甲状腺囊肿切除后需要做病理检查的。因为甲状腺囊肿有部分存在恶变的可能性，所以要排除甲状腺癌的可能性。如果是甲状腺癌，需要进一步手术及化疗等治疗。病理检查是为了验证诊断，如果是囊肿可以不用继续治疗，如果不是囊肿而是腺瘤或者恶性肿瘤就需要手术后继续治疗。
