眼囊肿大多是我们通常所说的chalazions。发生在睑板腺，睑板腺是一种慢性炎性肉芽肿。其中大多数是由于管道堵塞和脂肪分泌物滞留造成的，这两者在幼年时就密切相关。通常可以使用热敷，大多数效果很好，也可以局部使用减少汞的白色或黄色眼膏，但大多数效果不是很好。如果发现囊肿本身已经磨损，并且在检查中发现肉芽组织突出，则肉芽组织必须在手术后切除，并且将囊肿内容物和壁一起去除。
在眼睛囊肿的情况下，可以通过热敷来缓解。如果逐渐变得越来越大，可以通过手术直接移除，手术去当地正规的大医院，因为每个地区的医疗技术都有一定的差异。在平时生活中也要做热敷，同时多吃降火的食物，比如蜂蜜，海带汤，绿豆汤等。
宫颈腺囊肿如果是由于宫颈的生理性变化引起的，一般不需要进行特殊的治疗。如果是颈的慢性炎症、宫颈局部的损伤，从而使宫颈腺管口狭窄引起的，患者需要在医生的指导下给阴道上药来治疗慢性的宫颈炎症，常见的药物有保妇康栓、消糜栓、坤净栓等。当囊肿比较大时，患者还可以在医生的指导下进行手术，通过手术直接把囊肿戳破来达到治疗的效果。
腱鞘囊肿治疗方法有手术与非手术治疗两种，在这些腱鞘囊肿中，有一小部分病人可自行消退，但是有些病人在经过各种治疗后仍复发，非手术治疗和保守治疗的复发率比较高，但是这类方法的创伤最小，容易为病人所接受，临床可作首选治疗。
可经挤压致使腱鞘囊肿断裂而渐渐自行吸收，但在治疗之后，可反复发作，连接关节腔不易断裂，可通过穿刺将囊液拔出，再加压按压或拔出囊液，送入肾上腺皮质激素进行局部加压包扎，一般均能起到治疗作用。
手术治疗是指在其他治疗无效的情况下，腱鞘囊肿可手术摘除，但仍存在不同程度的复发机会，故术后需避免病部关节不断重复连续运动和剧烈运动，为了避免再复发的可能性。
卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
