治疗原则非手术治疗：包括热水坐浴、通便、理疗，局部有急性炎症可用抗生素。该疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能治好。手术治疗挂线或切除。用药原则1.如肛瘘为结核性，则按抗痨常规处理。
必须采取治疗，应以健脾补肾益气除湿为治本之法，清热解毒活血化瘀为治标之法用，辨证施治最忌长期应用大苦大寒之剂，亦可配合中药针，如麦注参麦，注射液等静滴以扶正，采用独有中药配方肠炎I号方，配合西药研粉混合保留灌肠经临床验证疗效满意。
可采用放射治疗，放射治疗在直肠癌治疗中的地位已日益受到重视，有与手术相结合的综合治疗和单纯放射治疗两种。也可采用肿瘤局部冷冻、激光和烧灼治疗或做姑息性手术进行手术治疗。
直肠恶变饮食需多加注意，肠蠕动恢复后方可进食，以易消化食物为主，不吃粗纤维太多的食物。多食豆制品、蛋、鱼类等，使大便干燥，便于清洁处理。配合针对性中药扶正抗癌治疗，提高免疫力，改善生活质量，防止进一步转移和复发。
关于直肠恶变的治疗方法，是有很多的。直肠恶变的最常见的方法是姑息性手术，为了解除梗阻和减少病人痛苦，可行姑息性切除，这种手术对治疗直肠恶变是很有益处的。还有就是放射性放射治疗在直肠癌治疗中的地位已日益受到重视，有与手术相结合的综合治疗和单纯放射治疗两种。治疗直肠恶变也是有很好的效果的。另外还有肿瘤局部冷冻、激光和烧灼治疗，这种治疗方式对控制微小转移病灶是有特别好的疗效的。