肛瘘分为高位肛瘘和低位肛瘘，大概两周到三周就能长上，低位肛瘘创口是比较浅的，大概三周左右，就能够完全好，而且饮食上也不需要禁食，不过具体的恢复时间也是因人而异的，手术后积极做好肛门护理，可以温水坐浴或者直接热敷，并多吃可以通便的食物，防止因大便不通畅影响到肛门恢复。
肛瘘进行手术后，是比较简单的肛瘘，住院10天左右就可以恢复，如果是比较复杂的肛瘘可能20天左右才可以恢复，在恢复期间每天都需要消毒、清洗、换药才可以加快恢复速度。
肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘手术跟肛周脓肿手术有点类似，术后恢复周期要根据感染的范围、大小、深浅而定。有些简单的肛瘘，比如皮下瘘、低位单纯性肛瘘，距离肛门不远，一般2周左右，能够好。有些相对较复杂的，比如括约肌间、括约肌上肛瘘，包括多间隙感染，甚至骨盆直肠间隙感染的肛瘘，治疗时间可能需要1个月、2个月甚至更长。所以肛瘘手术后的治疗周期，要视感染范围、创面大小、深浅而定。
正常的肛瘘术后恢复时间需要10天—2周左右。那么两周左右以后就可以正常的上班和生活。但是如果术前肛瘘检查为高位复杂性肛瘘，或肛瘘的瘘管有多条分支，可能术后的恢复时间需要20天到1个月左右。