肛瘘一旦形成了就需要行手术治疗了，因为肛瘘它是没有自愈的可能的，而且也无法用药物来把它治好，一旦瘘管形成了，就应该行手术切开术，这样才能够把瘘管治疗好。如果治疗不当，也有可能反复的出现肿痛流脓，另外瘢痕也会很重，所以选择手术也是非常重要的，用什么样的术式也是很关键的，所以肛瘘一旦形成一定要行手术治疗。
肛瘘卧床休息的同时，可以每天适当下床活动，如缓慢行走，利于伤口的渗出分泌物流出来。对低位单纯肛瘘手术，创面不大的，可到户外散步、打太极拳、做深呼吸运动、练气功、做体操等。对于高位复杂性肛瘘的病人，在术后应坚持室内散步，以促进身体血液循环。当内口挂线完全脱落时，病人可以走出户外，做一些简单的健身运动，促进伤口修复。另外，病人可适当做一些提肛运动、弯腰、下蹲、爬楼梯运动，以加强肛门功能锻炼。
最有效的治疗方法是进行手术，具体的分型，对于单纯性的浅表性的肛瘘，可以行切除缝合，比较深的复杂性的肛瘘，需要进行挂线疗法，手术以后需要定期进行换药。严重时需要及时就医。
瘘手术后一定要非常注意术后的处理，这是非常重要的。肛瘘手术的注意事项主要包括：坚持换药，随时观察伤口的生长情况，比如观察手术创面肉芽组织新鲜不新鲜、引流通畅不通畅、是否需要清创处理。第要经常坐浴，尤其是大便以后，一定要注意清洗肛门，使用中药或者是清水清洗肛门，保持肛门部的清洁。第一定要注意饮食，饮食要以清淡容易消化的食物为主，尽量的少食用辛辣刺激性的食物。
肛瘘病人要多吃润肠通便的果蔬，例如苹果、香蕉、梨等、冬瓜、香蕉、黑芝麻油，蜂蜜水等。为了促进肠蠕动还可喝酸奶，多食含膳食纤维丰富的食物，例如麦麸、豆类等。忌食有刺激性的食物，如酒类，辣椒，海鲜等。