肛瘘的治疗主要是进行手术，保守治疗不能成功，可根据肛瘘具体情况选择挂线疗法、瘘管切开术、肛瘘切除术，从资料来看可能是瘘管切开术，具体情况可咨询手术医生，术后定期换药，去除脓性分泌物，如有必要可应用抗生素药物治疗，忌酒辛辣食物。
早期肛瘘可以药物治疗，肛瘘有间歇期和发作期。间歇期会完全没有症状，这时可以不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以采取药物治疗暂时缓解症状。
肛瘘的治疗原则是手术为主。把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。处理好瘘管及支管、死腔：要把瘘管的管道、支管、死腔等清除干净，以免术后复发。
肛瘘的早期症状疼痛瘘管通畅无炎症时，一般无疼痛，只有肛门局部略有肿胀感，行走时可加重，若外口封闭，瘘管存积脓液，或粪便进入瘘管，则会疼痛加重或排粪时疼痛加重，而内盲瘘则常感直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时疼痛加重。
肛瘘早期治疗方法之一是药物治疗，选泽简单口服一些消炎药或涂抹类的消炎药膏，可以暂时缓解。之二是采用传统的完全切开引流的方式。目前比较受欢迎的是安氏微创疗法，无痛恢复快，节约时间，且无后遗症。